Arlequin（バージョン30）：人口遺伝学データ分析のための統合ソフトウェアパッケージ

Arlequin Ver 3.0は、標準的な遺伝的多様性指標の計算、対立遺伝子およびハプロタイプの頻度の推定、連鎖平衡からの逸脱、選択的中性からの逸脱、人口統計平衡など、集団遺伝学データ分析のためのいくつかの基本的および高度な方法を統合するソフトウェアパッケージです。、過去の人口の拡大からの推定またはパラメーター、およびAMOVAフレームワークの下での人口下位区分の徹底的な分析。Arlequin 3は、C ++で記述されたまったく新しいグラフィカルインターフェイス、入力ファイルのより堅牢なセマンティック分析、および2つの新しい方法を紹介します。マルチロカス遺伝子型からの格差期のベイジアン推定、および瞬間的な空間拡張のパラメーターの推定の推定を紹介します。DNA配列多型。Arlequinは、DNAシーケンス、マイクロサテライトデータ、または標準的な多焦点遺伝子型などのいくつかのデータ型を処理できます。ソフトウェアのWindowsバージョンは、http：//cmpg.unibe.ch/software/arlequin3で無料で入手できます。

Arlequin ver 3.0 is a software package integrating several basic and advanced methods for population genetics data analysis, like the computation of standard genetic diversity indices, the estimation of allele and haplotype frequencies, tests of departure from linkage equilibrium, departure from selective neutrality and demographic equilibrium, estimation or parameters from past population expansions, and thorough analyses of population subdivision under the AMOVA framework. Arlequin 3 introduces a completely new graphical interface written in C++, a more robust semantic analysis of input files, and two new methods: a Bayesian estimation of gametic phase from multi-locus genotypes, and an estimation of the parameters of an instantaneous spatial expansion from DNA sequence polymorphism. Arlequin can handle several data types like DNA sequences, microsatellite data, or standard multi-locus genotypes. A Windows version of the software is freely available on http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin3.