熱帯疾患におけるオープンソースの創薬のためのカーネル

背景：従来の特許ベースの医薬品開発インセンティブは、通常、商業市場が存在しない発展途上国にとってはひどく機能します。このため、過去10年間で、プライベートパブリックのパートナーシップから開発賞に至るまで、代替の研究開発機関での広範な実験が見られました。しかし、広範な議論にもかかわらず、最も有望な手段の1つの1つは、ソースの発見を開いていました。つまずきのブロックは、ボランティアが一連の粒状の貢献を通じて改善できる既存の仕事の臨界質量がないことであると主張します。歴史的に、オープンソースのソフトウェアコラボレーションは、そのような「カーネル」なしではほとんど成功していません。 方法論/主要な調査結果：ここでは、次のように計算パイプラインを使用します。（i）標的タンパク質の比較構造モデリング、（ii）表面上のリガンド結合部位の局在を予測し、（iii）予測リガンドの類似性を評価する既知の薬。私たちのカーネルには現在、既知の薬物と同様の既知の薬物または分子に結合すると予測される10個の病原体ゲノムからの143および297のタンパク質標的が含まれています。カーネルは、オンラインのオープンソースコミュニティが核形成できる潜在的な薬物ターゲットと薬物候補のソースを提供します。NMR分光法を使用して、これらの2つのターゲットの予測を実験的にテストし、1つを確認し、もう1つを無効にしました。 結論/重要性：Creative Commons Attribution Share-Alike-Allise-Allise-Allisted Useの下で提供されているTDIカーネルは、http://www.tropicaldisease.orgのWorld Wide Webでアクセスできます。このカーネルが、熱帯疾患を引き起こす寄生虫に対する新薬の発見に向けた共同の努力を促進することを願っています。

BACKGROUND: Conventional patent-based drug development incentives work badly for the developing world, where commercial markets are usually small to non-existent. For this reason, the past decade has seen extensive experimentation with alternative R&D institutions ranging from private-public partnerships to development prizes. Despite extensive discussion, however, one of the most promising avenues-open source drug discovery-has remained elusive. We argue that the stumbling block has been the absence of a critical mass of preexisting work that volunteers can improve through a series of granular contributions. Historically, open source software collaborations have almost never succeeded without such "kernels". METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: HERE, WE USE A COMPUTATIONAL PIPELINE FOR: (i) comparative structure modeling of target proteins, (ii) predicting the localization of ligand binding sites on their surfaces, and (iii) assessing the similarity of the predicted ligands to known drugs. Our kernel currently contains 143 and 297 protein targets from ten pathogen genomes that are predicted to bind a known drug or a molecule similar to a known drug, respectively. The kernel provides a source of potential drug targets and drug candidates around which an online open source community can nucleate. Using NMR spectroscopy, we have experimentally tested our predictions for two of these targets, confirming one and invalidating the other. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE: The TDI kernel, which is being offered under the Creative Commons attribution share-alike license for free and unrestricted use, can be accessed on the World Wide Web at http://www.tropicaldisease.org. We hope that the kernel will facilitate collaborative efforts towards the discovery of new drugs against parasites that cause tropical diseases.