RNAにおけるリボース2'-ヒドロキシル反応性に対するヌクレオチド同一性の影響

N-Methylisatoic Anhydride（NMIA）および1-メチル-7-ニトロゼアトーティック無水物（1M7）を含むヒドロキシル選択的電気栄養素は、RNA構造分析に非常に有用であり、協調的に制約されないまたは柔軟に柔軟に対応するため、RNA構造分析に非常に役立ちます。ヌクレオチド。RNA内の各ヌクレオチドは、これらの試薬と付加物を形成して、RNA構造の包括的なヌクレオチド解像度の視野を生成する可能性があります。ただし、局所構造以外の要因が反応性を調節する可能性があります。各ヌクレオチドの固有の反応性に対する塩基同一性の影響を評価するために、ネイティブ条件と変性条件の両方で、4つの異なるRNAを使用してNMIAと1M7反応性を分析します。グアノシンおよびアデノシン残基は、pH 8.0で同一の固有の2'-ヒドロキシル反応性を持ち、それぞれウリジンとシチジンの1.4および1.7倍の反応性であることを示しています。これらの微妙ではあるが統計的に有意な違いは、基本固有の影響がはるかに小さくなるため、RNA二次構造を確立するためのRNA二次構造を確立するためのRNA二次構造または監視RNA折りたたみを確立するためのプライマー拡張ベース（形状）方法によって分析される選択的2'-ヒドロキシルアシル化の能力に影響を与えませんペアリングヌクレオチドと対立したヌクレオチドの反応性の違いよりも。

Hydroxyl-selective electrophiles, including N-methylisatoic anhydride (NMIA) and 1-methyl-7-nitroisatoic anhydride (1M7), are broadly useful for RNA structure analysis because they react preferentially with the ribose 2'-OH group at conformationally unconstrained or flexible nucleotides. Each nucleotide in an RNA has the potential to form an adduct with these reagents to yield a comprehensive, nucleotide-resolution, view of RNA structure. However, it is possible that factors other than local structure modulate reactivity. To evaluate the influence of base identity on the intrinsic reactivity of each nucleotide, we analyze NMIA and 1M7 reactivity using four distinct RNAs, under both native and denaturing conditions. We show that guanosine and adenosine residues have identical intrinsic 2'-hydroxyl reactivities at pH 8.0 and are 1.4 and 1.7 times more reactive than uridine and cytidine, respectively. These subtle, but statistically significant, differences do not impact the ability of selective 2'-hydroxyl acylation analyzed by primer extension-based (SHAPE) methods to establish an RNA secondary structure or monitor RNA folding in solution because base-specific influences are much smaller than the reactivity differences between paired and unpaired nucleotides.