Web 3DNA- 3次元核酸構造の分析、再構築、視覚化のためのWebサーバー

W3DNA（Web 3DNA）サーバーは、タンパク質とタンパク質を含む複合体を含む3次元（3D）核酸コンテナ構造の分析、再構築、視覚化のための3DNAスイートのプログラムスイートへのユーザーフレンドリーなWebベースのインターフェイスです。他のリガンド。サーバーにより、ユーザーは、相互作用する核酸塩基とベースペアステップのアイデンティティと剛体パラメーター、ヘリカルフラグメントなどを含むヌクレオチドなど、特定の構造の多種多様な立体構造パラメーターを決定できます。また、任意のヌクレオチド配列とらせんタイプの3Dモデル、ユーザー定義の基本パラメーターと配列を備えたカスタマイズされた一本鎖および二重ヘリック構造、およびタンパク質およびその他のユーザー定義サイトで「装飾された」DNAのモデルを構築することも可能です。分子。視覚化コンポーネントは、相互作用するヌクレオチドの塩基対の「ブロック」画像や積み上げ図など、核酸構造のユニークな出版物質表現を提供します。http://w3dna.rutgers.eduにあるW3DNA Webサーバーは、ログイン要件のないすべてのユーザーに無料で公開されています。

The w3DNA (web 3DNA) server is a user-friendly web-based interface to the 3DNA suite of programs for the analysis, reconstruction, and visualization of three-dimensional (3D) nucleic-acid-containing structures, including their complexes with proteins and other ligands. The server allows the user to determine a wide variety of conformational parameters in a given structure--such as the identities and rigid-body parameters of interacting nucleic-acid bases and base-pair steps, the nucleotides comprising helical fragments, etc. It is also possible to build 3D models of arbitrary nucleotide sequences and helical types, customized single-stranded and double-helical structures with user-defined base-pair parameters and sequences, and models of DNA 'decorated' at user-defined sites with proteins and other molecules. The visualization component offers unique, publication-quality representations of nucleic-acid structures, such as 'block' images of bases and base pairs and stacking diagrams of interacting nucleotides. The w3DNA web server, located at http://w3dna.rutgers.edu, is free and open to all users with no login requirement.