並列DNAキャプチャとシーケンスによるヒトRNA編集部位のゲノム全体の同定

アデノシンからイノシン（A-to-I）RNA編集は、トランスクリプトームの多様性につながり、正常な脳機能にとって重要です。現在までに、哺乳類では一握りの機能部位のみが特定されています。大規模な並列ターゲットキャプチャとDNAシーケンスを使用して、36,000を超える計算的に予測される非繰り返しA-to-Iサイトをスクリーニングするための偏りのないアッセイを開発しました。数百のヒトRNA編集部位の包括的なセットは、1人の個人の7つの組織からのRNAとゲノムDNAを比較することにより検出されました。プロファイリングの特異性は、RNA（ADAR）に作用するアデノシンデアミナーゼのターゲットの既知の特徴と毛細管配列による検証による濃縮の観察によってサポートされました。この効率的なアプローチは、RNA編集ターゲットのレパートリーを大幅に拡大し、RNA編集関連のヒト疾患を含む研究に適用できます。

Adenosine-to-inosine (A-to-I) RNA editing leads to transcriptome diversity and is important for normal brain function. To date, only a handful of functional sites have been identified in mammals. We developed an unbiased assay to screen more than 36,000 computationally predicted nonrepetitive A-to-I sites using massively parallel target capture and DNA sequencing. A comprehensive set of several hundred human RNA editing sites was detected by comparing genomic DNA with RNAs from seven tissues of a single individual. Specificity of our profiling was supported by observations of enrichment with known features of targets of adenosine deaminases acting on RNA (ADAR) and validation by means of capillary sequencing. This efficient approach greatly expands the repertoire of RNA editing targets and can be applied to studies involving RNA editing-related human diseases.