AutoDock Vina：新しいスコアリング機能、効率的な最適化、マルチスレッドでドッキングの速度と精度を向上させる

分子ドッキングと仮想スクリーニングの新しいプログラムであるAutodock Vinaが提示されています。AutoDock Vinaは、以前にラボで開発された分子ドッキングソフトウェア（AutoDock 4）と比較して約2桁のスピードアップを達成し、バインディングモード予測の精度を大幅に改善し、で使用したトレーニングセットのテストで判断して判断します。AutoDock 4開発。マルチコアマシンでマルチスレッドを使用することにより、平行性からさらにスピードアップが達成されます。AutoDock Vinaはグリッドマップを自動的に計算し、結果をユーザーに透明にする方法でクラスターします。

AutoDock Vina, a new program for molecular docking and virtual screening, is presented. AutoDock Vina achieves an approximately two orders of magnitude speed-up compared with the molecular docking software previously developed in our lab (AutoDock 4), while also significantly improving the accuracy of the binding mode predictions, judging by our tests on the training set used in AutoDock 4 development. Further speed-up is achieved from parallelism, by using multithreading on multicore machines. AutoDock Vina automatically calculates the grid maps and clusters the results in a way transparent to the user.