HGDP-CEPHヒトサンプルを横切る遺伝子内の連鎖不平衡の減衰：ほとんどの集団分離株はLDの増加を示していません

背景：結合の不均衡のパターンは、人間の集団間で異なることがよく知られています。間接的な関連研究は、特により高いと想定される孤立した集団において、遺伝子の周りのリンケージの不均衡を日常的に活用しています。ここでは、211の遺伝子領域に沿った物理的距離との結合不平衡の量と減衰の両方を調査します。それらのほとんどは、特に分離株として定義された集団に焦点を当てて、39のHGDP-CEPH集団サンプルにわたって複雑な疾患に関連しています。各遺伝子領域と集団内で、可能なすべての単一ヌクレオチド多型（SNP）ペア間のR2を連鎖の不均衡の尺度として使用し、R2が0.8を超えるSNPペアの割合に焦点を合わせます。 結果：平均R2は大陸地域間および大陸地域の間で有意に異なることがわかりましたが、R2の分散のはるかに高い割合が大陸地域間の違いに起因する可能性があります（それぞれ2.8％対0.5％）。同様に、R2> 0.8のSNPペアの割合は、すべての距離クラスで大陸で大幅に異なっていましたが、アフリカとアメリカの場合を除き、一般に大陸内ではるかに均質でした。大陸に関してすべての距離クラスで一貫してLDが一貫して高いLDを持つ唯一の孤立した集団は、カラッシュ（中央南アジア）とスルイ（アメリカ）です。さらに、分離された集団は、同じ大陸の非分離集団よりも遺伝子領域あたりR2> 0.8のSNPペアのわずかに高い割合しか示されませんでした。したがって、遺伝子型である必要がある孤立した集団におけるSNPの数は、非分離剤よりもわずかに少ない場合があります。 結論：「隔離された集団」ラベル自体は、関連研究におけるジェノタイピング効率の向上を保証するものではなく、結合の不均衡の増加以外の特性は、これらの集団を遺伝的疫学において興味深いものにする可能性があります。

BACKGROUND: It is well known that the pattern of linkage disequilibrium varies between human populations, with remarkable geographical stratification. Indirect association studies routinely exploit linkage disequilibrium around genes, particularly in isolated populations where it is assumed to be higher. Here, we explore both the amount and the decay of linkage disequilibrium with physical distance along 211 gene regions, most of them related to complex diseases, across 39 HGDP-CEPH population samples, focusing particularly on the populations defined as isolates. Within each gene region and population we use r2 between all possible single nucleotide polymorphism (SNP) pairs as a measure of linkage disequilibrium and focus on the proportion of SNP pairs with r2 greater than 0.8. RESULTS: Although the average r2 was found to be significantly different both between and within continental regions, a much higher proportion of r2 variance could be attributed to differences between continental regions (2.8% vs. 0.5%, respectively). Similarly, while the proportion of SNP pairs with r2 > 0.8 was significantly different across continents for all distance classes, it was generally much more homogenous within continents, except in the case of Africa and the Americas. The only isolated populations with consistently higher LD in all distance classes with respect to their continent are the Kalash (Central South Asia) and the Surui (America). Moreover, isolated populations showed only slightly higher proportions of SNP pairs with r2 > 0.8 per gene region than non-isolated populations in the same continent. Thus, the number of SNPs in isolated populations that need to be genotyped may be only slightly less than in non-isolates. CONCLUSION: The "isolated population" label by itself does not guarantee a greater genotyping efficiency in association studies, and properties other than increased linkage disequilibrium may make these populations interesting in genetic epidemiology.