DNAメチル化の違いを測定するための水硫酸シーケンスPCRとのパイロシーケンスの比較

DNAメチル化は、クロマチン構造と遺伝子発現の調節に強く影響します。長年にわたり、BisulthiteシーケンスPCR（BSP）は、DNAメチル化を測定するための「ゴールドスタンダード」として機能してきました。ただし、DNAメチル化を評価するためのツールとしてのパイロシーケンスの進化により、DNAメチル化の測定における2つの技術の相対的効率を比較する必要があります。BSPと蒸気の直接的な評価を初めて提供して、さまざまな薬物感受性および薬物耐性のMCF-7乳癌細胞株におけるABCB1プロモーターの低メチル化、高メチル化、および混合メチル化を検出および定量化して、頭から頭へ実験。我々の発見は、両方の方法がDNAのメチル化の増加、減少、および混合されたメチル化を確実に検出できるが、BSPはDNAの強力な高メチル化を検出する際の蒸発性よりも感度が高いように見えることを示しています。ただし、BSPがパイロシーケンシングに加えて必要とされる追加の細菌クローニングステップにより、BSPによるCPG部位のメチル化のより大きなばらつきが観察されました。BSPとパイロシーケンスは、DNAの低メチル化と混合メチル化を均等に検出しました。水脂肪材処理DNAの細菌発現ベクターへのクローンを必要とせずに、細胞集団間のDNAメチル化の違いを確実に検出する促進の能力は、この技術の主要な利点と見なされていました。

DNA methylation strongly affects chromatin structure and the regulation of gene expression. For many years, bisulfite sequencing PCR (BSP) has served as the "gold standard" for measuring DNA methylation. However, with the evolution of pyrosequencing as a tool to evaluate DNA methylation, the need arises to compare the relative efficiencies of the two techniques in measuring DNA methylation. We provide for the first time a direct assessment of BSP and pyrosequencing to detect and quantify hypomethylation, hypermethylation, and mixed methylation of the ABCB1 promoter in various drug-sensitive and drug-resistant MCF-7 breast cancer cell lines through head-to-head experimentation. Our findings indicate that although both methods can reliably detect increased, decreased, and mixed methylation of DNA, BSP appears to be more sensitive than pyrosequencing at detecting strong hypermethylation of DNA. However, we also observed greater variability in the methylation of CpG sites by BSP, possibly due to the additional bacterial cloning step required by BSP over pyrosequencing. BSP and pyrosequencing equally detected hypomethylation and mixed methylation of DNA. The ability of pyrosequencing to reliably detect differences in DNA methylation across cell populations without requiring the cloning of bisulfite-treated DNA into bacterial expression vectors was seen as a major advantage of this technique.