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Journal of visualized experiments : JoVE2009Oct29Vol.issue(32)

変性尿素ポリアクリルアミドゲル電気泳動(尿素ページ)

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文献タイプ:
  • Journal Article
  • Research Support, Non-U.S. Gov't
  • Video-Audio Media
概要
Abstract

尿素ページまたは変性尿素ポリアクリルアミドゲル電気泳動は6〜8 M尿素を使用します。これは、二次DNAまたはRNA構造を変性させ、分子量に基づくポリアクリルアミドゲルマトリックスでの分離に使用されます。2〜500塩基の間のフラグメントは、単一のヌクレオチドと同じくらい小さい長さの違いを持つ、この方法を使用して分離できます(1)。サンプルの移動は、選択したアクリルアミド濃度に依存しています。ポリアクリルアミドの割合が高いと、低分子量断片が解決されます。ゲルラン中の尿素と45〜55度Cの温度の組み合わせにより、非構造化されたDNAまたはRNA分子の分離が可能になります。一般に、この方法は、酵素切断反応からの合成または標識オリゴヌクレオチドまたは製品などの単一鎖DNAまたはRNA断片を分析または精製するために必要です。このビデオ記事では、変性尿素ポリアクリルアミドゲルを準備して実行する方法を示します。元のプロトコル(1,2)に加えて、技術的なヒントが含まれています。

尿素ページまたは変性尿素ポリアクリルアミドゲル電気泳動は6〜8 M尿素を使用します。これは、二次DNAまたはRNA構造を変性させ、分子量に基づくポリアクリルアミドゲルマトリックスでの分離に使用されます。2〜500塩基の間のフラグメントは、単一のヌクレオチドと同じくらい小さい長さの違いを持つ、この方法を使用して分離できます(1)。サンプルの移動は、選択したアクリルアミド濃度に依存しています。ポリアクリルアミドの割合が高いと、低分子量断片が解決されます。ゲルラン中の尿素と45〜55度Cの温度の組み合わせにより、非構造化されたDNAまたはRNA分子の分離が可能になります。一般に、この方法は、酵素切断反応からの合成または標識オリゴヌクレオチドまたは製品などの単一鎖DNAまたはRNA断片を分析または精製するために必要です。このビデオ記事では、変性尿素ポリアクリルアミドゲルを準備して実行する方法を示します。元のプロトコル(1,2)に加えて、技術的なヒントが含まれています。

Urea PAGE or denaturing urea polyacrylamide gel electrophoresis employs 6-8 M urea, which denatures secondary DNA or RNA structures and is used for their separation in a polyacrylamide gel matrix based on the molecular weight. Fragments between 2 to 500 bases, with length differences as small as a single nucleotide, can be separated using this method(1). The migration of the sample is dependent on the chosen acrylamide concentration. A higher percentage of polyacrylamide resolves lower molecular weight fragments. The combination of urea and temperatures of 45-55 degrees C during the gel run allows for the separation of unstructured DNA or RNA molecules. In general this method is required to analyze or purify single stranded DNA or RNA fragments, such as synthesized or labeled oligonucleotides or products from enzymatic cleavage reactions. In this video article we show how to prepare and run the denaturing urea polyacrylamide gels. Technical tips are included, in addition to the original protocol (1,2).

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