Bactibaseの2番目のリリース：バクテリオシンの特性評価のためのデータベースとツールプラットフォーム

背景：Bactibaseは、一般にバクテリオシンとして知られている細菌抗菌ペプチドの特性評価のために設計された統合されたオープンアクセスデータベースです。 説明：2回目のリリースでは、Bactibaseが拡張され、カジュアルユーザーとパワーユーザーの両方を対象とした追加の機能が装備されています。エントリの数は44％増加しており、公開された文献とハイスループットデータセットから収集されたデータが含まれています。データベースは、バクテリオシン配列の手動でキュレーションされた注釈を提供します。BactiBaseにもたらされた改善には、相同性検索、複数のシーケンスアラインメント、隠されたマルコフモデル、分子モデリング、分類ブラウザを介した検索など、バクテリオシン分析用のさまざまなツールの組み込みが含まれます。 結論：提供された機能により、Bactibaseは食品保存または食品安全用途における有用なツールになり、医療用の新薬の開発に影響を与える可能性があります。bactibaseはhttp://bactibase.pbba-lab-tun.orgで入手できます。

BACKGROUND: BACTIBASE is an integrated open-access database designed for the characterization of bacterial antimicrobial peptides, commonly known as bacteriocins. DESCRIPTION: For its second release, BACTIBASE has been expanded and equipped with additional functions aimed at both casual and power users. The number of entries has been increased by 44% and includes data collected from published literature as well as high-throughput datasets. The database provides a manually curated annotation of bacteriocin sequences. Improvements brought to BACTIBASE include incorporation of various tools for bacteriocin analysis, such as homology search, multiple sequence alignments, Hidden Markov Models, molecular modelling and retrieval through our taxonomy Browser. CONCLUSION: The provided features should make BACTIBASE a useful tool in food preservation or food safety applications and could have implications for the development of new drugs for medical use. BACTIBASE is available at http://bactibase.pfba-lab-tun.org.