ゾンポ博士：Zostera MarinaとPosidonia Oceanica ESTのオンラインデータリポジトリ

生態系エンジニアとして、海草は世界中の浅い海岸線の生息地において最も重要な生態学的重要性の被子植物です。さらに、独立した海草系統の祖先は、独立した独立した進化の出来事で二次的に海に戻ってきました。したがって、このクレードの分子適応を理解することは、生態学の分野に大きく貢献するだけでなく、並行進化の原則にも貢献します。ここに示された最初のインタラクティブなシーグラスシーケンスデータベースであるゾンポ博士の使用により、海洋環境の分子適応に関する新しい洞察を推測できます。データベースは、2つの海草種、Zostera MarinaとPosidonia Oceanicaから得られた合計14の597 ESTに基づいており、これらは処理、組み立て、包括的に注釈が付けられています。ゾンポ博士は、実験者に実験を構築するための幅広い基盤を提供し、このクラスの非推定のモノカタレドンシステムの調査に関連する課題を検討します。Ruby on Railsフレームワークに基づいたデータベースには、実験的に決定された熱応答性転写産物の検索、分子マーカー（SSRSおよびSNP）のマイニング、およびいくつかのレベルで収集された注釈へのアクセスを可能にする重み付きキーワード検索などの機能が豊富にあります。PFAMドメイン、遺伝学、KEGG経路を含む。シロイヌナズナ情報リソース（TAIR）やイネゲノム注釈プロジェクトなどの十分に確立された植物ゲノム部位は、Zompo博士によってインターフェースされています。このプロジェクトでは、植物生物学者全般、特に海草コミュニティのための貴重なリソースを初期化しました。データベースは、特にZosteraゲノムシーケンスプロジェクトの最近の開始により、近い将来に来るために、より多くのデータと一緒に成長することが期待されています。Zompo Dr. Databaseはhttp://drzompo.uni-muenster.de/で入手できます。

As ecosystem engineers, seagrasses are angiosperms of paramount ecological importance in shallow shoreline habitats around the globe. Furthermore, the ancestors of independent seagrass lineages have secondarily returned into the sea in separate, independent evolutionary events. Thus, understanding the molecular adaptation of this clade not only makes significant contributions to the field of ecology, but also to principles of parallel evolution as well. With the use of Dr. Zompo, the first interactive seagrass sequence database presented here, new insights into the molecular adaptation of marine environments can be inferred. The database is based on a total of 14 597 ESTs obtained from two seagrass species, Zostera marina and Posidonia oceanica, which have been processed, assembled and comprehensively annotated. Dr. Zompo provides experimentalists with a broad foundation to build experiments and consider challenges associated with the investigation of this class of non-domesticated monocotyledon systems. Our database, based on the Ruby on Rails framework, is rich in features including the retrieval of experimentally determined heat-responsive transcripts, mining for molecular markers (SSRs and SNPs), and weighted key word searches that allow access to annotation gathered on several levels including Pfam domains, GeneOntology and KEGG pathways. Well established plant genome sites such as The Arabidopsis Information Resource (TAIR) and the Rice Genome Annotation Project are interfaced by Dr. Zompo. With this project, we have initialized a valuable resource for plant biologists in general and the seagrass community in particular. The database is expected to grow together with more data to come in the near future, particularly with the recent initiation of the Zostera genome sequencing project.The Dr. Zompo database is available at http://drzompo.uni-muenster.de/