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Journal of clinical virology : the official publication of the Pan American Society for Clinical Virology2010Aug01Vol.48issue(4)

乾燥血液スポット(DBS)フィルターカードにおけるHCMV-DNA検出の感度に対するさまざまな抽出方法とPCR技術の影響

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文献タイプ:
  • Comparative Study
  • Evaluation Study
  • Journal Article
  • Research Support, Non-U.S. Gov't
概要
Abstract

背景:ヒトサイトメガロウイルス(HCMV)による感染は、最も一般的な先天性ウイルス感染症であり、新生児の約0.5〜2%に影響を及ぼします。GuthrieカードでDBSを使用すると、先天性を出生後のHCMV感染から差別することができます。しかし、最近のヨーロッパの裁判では、DBS-Filter-Cardsからの低いHCMV-DNAレベルの検出における深刻な問題が明らかになりました(Barbi et al。、2008)。(7) 目的:DBS-Filter-CardからのHCMV-DNAの低コピー数を検出するためのサンプルサイズ、DNA抽出法、PCRシステムの最も敏感な組み合わせの評価。 研究デザイン:DBSのHCMV-DNAを検出するための3つの異なる手動抽出方法を比較しました:Qiamp-blood-mini-kit、熱抽出 - メソッドと伝統的なフェノールクロロホルム抽出。さらに、自動化された核酸抽出システム(Nuclisense EasyMag/Biomerieux)をテストしました。定義されたHCMV AD169-DNAコピー数でスパイクされたさまざまなパンチサイズのDBが分析されました。検出には、ハイブリダイゼーションプローブフォーマットを使用してGB-regionをターゲットにした定量的な社内電力PCRを使用しました。リアルタイム-PCRの感度をIE1EX4ターゲットネスト-PCRと比較しました。 結果:200コピーHCMV DNA/mLの最高の感度は、フェノールクロロホルム法を使用してネストされたPCRおよび6mm、3x3mmパンチ、またはDB全体と組み合わせて達成されました。QIAMP-BLOOD-MINI-KITは、DB全体とネストされたPCRを使用することにより、非常に高い感度を示しました。 結論:これらの結果は、パンチの領域、抽出法、およびPCR法の定義された組み合わせにより、ロジスティックに従ってDBSからのウイルスDNAの検出の確率を決定するため、先天性HCMV(CHCMV)感染の遡及的診断に強い影響を与える可能性があります。モデル。

背景:ヒトサイトメガロウイルス(HCMV)による感染は、最も一般的な先天性ウイルス感染症であり、新生児の約0.5〜2%に影響を及ぼします。GuthrieカードでDBSを使用すると、先天性を出生後のHCMV感染から差別することができます。しかし、最近のヨーロッパの裁判では、DBS-Filter-Cardsからの低いHCMV-DNAレベルの検出における深刻な問題が明らかになりました(Barbi et al。、2008)。(7) 目的:DBS-Filter-CardからのHCMV-DNAの低コピー数を検出するためのサンプルサイズ、DNA抽出法、PCRシステムの最も敏感な組み合わせの評価。 研究デザイン:DBSのHCMV-DNAを検出するための3つの異なる手動抽出方法を比較しました:Qiamp-blood-mini-kit、熱抽出 - メソッドと伝統的なフェノールクロロホルム抽出。さらに、自動化された核酸抽出システム(Nuclisense EasyMag/Biomerieux)をテストしました。定義されたHCMV AD169-DNAコピー数でスパイクされたさまざまなパンチサイズのDBが分析されました。検出には、ハイブリダイゼーションプローブフォーマットを使用してGB-regionをターゲットにした定量的な社内電力PCRを使用しました。リアルタイム-PCRの感度をIE1EX4ターゲットネスト-PCRと比較しました。 結果:200コピーHCMV DNA/mLの最高の感度は、フェノールクロロホルム法を使用してネストされたPCRおよび6mm、3x3mmパンチ、またはDB全体と組み合わせて達成されました。QIAMP-BLOOD-MINI-KITは、DB全体とネストされたPCRを使用することにより、非常に高い感度を示しました。 結論:これらの結果は、パンチの領域、抽出法、およびPCR法の定義された組み合わせにより、ロジスティックに従ってDBSからのウイルスDNAの検出の確率を決定するため、先天性HCMV(CHCMV)感染の遡及的診断に強い影響を与える可能性があります。モデル。

BACKGROUND: Infection with human cytomegalovirus (HCMV) is the most common congenital virus infection, affecting about 0.5-2% of newborns. Using DBS on Guthrie cards, it is possible to discriminate congenital from postnatal HCMV-infection. However, a recent European trial revealed serious problems in detection of low HCMV-DNA levels from DBS-filter-cards (Barbi et al., 2008).(7) OBJECTIVES: Evaluation of the most sensitive combination of sample size, DNA extraction method and PCR system for the detection of low copy numbers of HCMV-DNA from DBS-filter-cards. STUDY DESIGN: We compared three different manual extraction methods for the detection of HCMV-DNA out of DBS: the QIAmp-blood-Mini-Kit, a heat-extraction-method and traditional phenol-chloroform extraction. Additionally, we tested an automated nucleic acid extraction system (NucliSense EasyMag/Biomerieux). Different punch-sizes of DBS spiked with defined HCMV AD169-DNA copy numbers were analyzed. For detection, we used a quantitative in-house-LightCycler-PCR targeting the gB-region using the hybridisation-probe-format. We compared the sensitivity of the real-time-PCR with IE1Ex4-targeted nested-PCR. RESULTS: The highest sensitivity with 200 copies HCMV DNA/ml was achieved using the phenol-chloroform method in combination with the nested-PCR and 6mm, 3x3mm punches or the whole DBS. The QIAmp-blood-Mini-Kit also showed a very high sensitivity by using the whole DBS and the nested-PCR. CONCLUSION: These results may have strong implications for retrospective diagnosis of congenital HCMV (cHCMV) infection, since a defined combination of the area of punch, the extraction method, and PCR method determine the probability of detection of viral DNA from DBS according to a logistic model.

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