ヨーロッパのグレイリングの初期寿命のプロテオミクスプロファイリング（ティマルスティマルス）

サケ科は、深い研究と経済的関心のある硬骨魚です。胚発生は、環境パラメーターによって重大な影響を受ける可能性のあるサケ科学生物学の重要な側面です。それでも、胚形成中の彼らのプロテオームは、ほとんど未踏のままです。この研究では、ショットガンプロテオミクスアプローチを使用して、サケ科の胚発生の胚発生の胚発生の胚発生の胚発生段階（ヨーロッパのグレイリング（Thymallus thymallus）のプロテオームを調査しています。限られたグレーリングタンパク質リソースを扱うために、生成されたスペクトルを、検索と複数のタンパク質グループアルゴリズムを使用して、識別を推測するすべてのSalmonidデータベースと比較されました。ゼブラフィッシュを参照ゲノムとして使用して、異なるレベル（遺伝子オントロジー、経路、ネットワーク、ネットワーク）で機能的濃縮分析を実施しました。合計213および239のタンパク質が、それぞれ目とhatch化段階で自信を持って検出されました。細胞周期、エネルギー、タンパク質代謝は、両方の段階に共通する主要なプロセスでした。核活動と脳と眼の発達は、目の段階プロテオームの主要な機能であり、中枢神経系、骨格筋、および心臓の発達がhatch化段階で優勢でした。全体として、この研究は、グレーリングまたはサルモニド種の胚形成中のプロテオームを説明する最初の努力を構成しています。また、既存のリソースがサケ科のプロテオーム研究を可能にする体系的なアプローチも提示します。

Salmonids are teleost fish of profound research and economic interest. Embryonic development is a key aspect of salmonid biology that can be critically affected by environmental parameters. Still, their proteome during embryogenesis remains largely unexplored. This study investigates the proteome of the eyed-egg and hatching stages of embryonic development of a salmonid species, European grayling (Thymallus thymallus), using a shotgun proteomic approach. To deal with limited grayling protein resources, the generated spectra were compared against an all-salmonid database using search and multiple protein grouping algorithms to infer identifications. Functional enrichment analysis was carried out at different levels (gene ontologies, pathways, networks) using zebrafish as a reference genome. A total of 213 and 239 proteins were confidently detected in eyed and hatching stages, respectively. Cell cycle, energy, and protein metabolism were the major processes common to both stages. Nuclear activity and brain and eye development were the predominant functions in the eyed-stage proteome, while central nervous system, skeletal muscle, and heart development prevailed in the hatching stage. Overall, this research constitutes the first effort to describe the proteome during embryogenesis in grayling or any salmonid species. It also presents a systematic approach by which existing resources can enable proteome research in salmonids.