ヒト口腔微生物叢データベース：経口微生物の分類学的およびゲノム情報を調査するためのWebアクセス可能なリソース

ヒトの経口微生物叢は最も研究されているヒト微生物叢ですが、種の53％はまだ有効に指定されておらず、35％が栽培されていません。耕作されていない分類群は、主に16S RRNAシーケンス情報から知られています。分離またはクローンの数値を不明瞭にするためだけに結ばれ、通常は正確な系統発生の配置を欠いているシーケンス情報は、ヒトの経口ミクロビオームデータを操作するための大きな障害です。ヒト口腔微生物データベース（HOMD）を作成するという目標は、キュレーションされた16S RRNA遺伝子ベースに基づいてヒト口腔に存在する600を超える原核生物種のボディサイト固有の包括的なデータベースを科学コミュニティに提供することです。暫定命名スキーム。現在、HOMDで2つの主要な種類の情報が提供されています - 革新的およびゲノム。口腔分離株とクローン研究の16S rRNA遺伝子配列分析から特定された経口種と分類群は、定義された16S rRNA系統型に配置され、それぞれが独自のヒト経口分類群（HOT）数に配置されました。高温のインターリンクは、各分類群の表現型、系統、ゲノム、臨床、書誌情報を行います。ユーザー16S RRNA遺伝子シーケンスをキュレーションされたフルレングス、16S RRNA遺伝子参照データセットに一致させるためのBLAST検索ツールが提供されています。ゲノム分析のために、HOMDは包括的な分析ツールを提供し、シーケンスおよび公開されたすべての人間の口腔微生物ゲノムの頻繁に更新される注釈を維持します。ヒト微生物叢プロジェクトの一部として決定される口腔細菌ゲノム配列は、利用可能になるとHOMDに追加されています。HOMDは、他の人体部位にマイクロバイオームデータを提示するための概念モデルとして提供します。データベースURL：http：//www.homd.org。

The human oral microbiome is the most studied human microflora, but 53% of the species have not yet been validly named and 35% remain uncultivated. The uncultivated taxa are known primarily from 16S rRNA sequence information. Sequence information tied solely to obscure isolate or clone numbers, and usually lacking accurate phylogenetic placement, is a major impediment to working with human oral microbiome data. The goal of creating the Human Oral Microbiome Database (HOMD) is to provide the scientific community with a body site-specific comprehensive database for the more than 600 prokaryote species that are present in the human oral cavity based on a curated 16S rRNA gene-based provisional naming scheme. Currently, two primary types of information are provided in HOMD--taxonomic and genomic. Named oral species and taxa identified from 16S rRNA gene sequence analysis of oral isolates and cloning studies were placed into defined 16S rRNA phylotypes and each given unique Human Oral Taxon (HOT) number. The HOT interlinks phenotypic, phylogenetic, genomic, clinical and bibliographic information for each taxon. A BLAST search tool is provided to match user 16S rRNA gene sequences to a curated, full length, 16S rRNA gene reference data set. For genomic analysis, HOMD provides comprehensive set of analysis tools and maintains frequently updated annotations for all the human oral microbial genomes that have been sequenced and publicly released. Oral bacterial genome sequences, determined as part of the Human Microbiome Project, are being added to the HOMD as they become available. We provide HOMD as a conceptual model for the presentation of microbiome data for other human body sites. Database URL: http://www.homd.org.