RIBO-MINUS RNAシーケンスとPolyA選択RNAシーケンスの比較

2つのRNAシーケンスプロトコル、RIBO-MINUS RNAシーケンス（RMRNA-Seq）とPolya選択RNAシーケンス（mRNA-seq）を比較するために、長さ35塩基のトランスクリプトームデータ52と3200万の整列読み取り値を取得しました。それぞれマウス大脳から。mRNA-seqデータセットの23％と15％と比較して、ユニークに整合性のRMRNA-seq読み取りの44％と25％がそれぞれ遺伝子間領域とイントロニック領域にあることがわかりました。さらなる分析により、タンパク質をコードする遺伝子（ヒストン、Heg1、Duxなど）、ncrnas、snornas、snrnas、および新規ncrnasの転写産物が追加の発見を行い、rmrna-seqデータセットの繰り返し要素を発見しました。この結果は、RMRNA-seqメソッドがより多くの多形または二峰性転写産物を検出すべきであることを示唆しています。最後に、複数のデータセット間の遺伝子発現プロファイルの比較分析を通じて、異なるRNAサンプル製剤が遺伝子発現プロファイルに有意な変動をもたらす可能性があることを実証しました。

To compare the two RNA-sequencing protocols, ribo-minus RNA-sequencing (rmRNA-seq) and polyA-selected RNA-sequencing (mRNA-seq), we acquired transcriptomic data-52 and 32 million alignable reads of 35 bases in length-from the mouse cerebrum, respectively. We found that a higher proportion, 44% and 25%, of the uniquely alignable rmRNA-seq reads, is in intergenic and intronic regions, respectively, as compared to 23% and 15% from the mRNA-seq dataset. Further analysis made an additional discovery of transcripts of protein-coding genes (such as Histone, Heg1, and Dux), ncRNAs, snoRNAs, snRNAs, and novel ncRNAs as well as repeat elements in rmRNA-seq dataset. This result suggests that rmRNA-seq method should detect more polyA- or bimorphic transcripts. Finally, through comparative analyses of gene expression profiles among multiple datasets, we demonstrated that different RNA sample preparations may result in significant variations in gene expression profiles.