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A型肝炎ウイルス（HAV）感染は、ベネズエラを含むラテンアメリカでは非常に一般的です。ブラジルを除いて、サブ遺伝型IAはほぼ排他的な方法で流通しているようです。この研究の目的は、循環株を特徴付け、散発的な症例における準種の存在と流行の発生を分析するために、ベネズエラのHAV感染の分子特性評価でした。散発性症例と流行の発生からの抗Hav IgMの合計125（113の血清および12の糞便）のサンプルを、VP1 N末端またはHAVゲノムの完全な領域を増幅するためにHEMIネストRT-PCRに提出しました。96ベネズエラの分離株から得られた配列を系統解析に使用しました。準ピース分布は、HAVアンプリコンのクローニングによって評価されました。ベネズエラからのHAV配列の系統解析では、サブ遺伝子型IAの排他的な循環が示されましたが、他の国では見られない2つの系統の共循環を示しました。ベネズエラ株の間で見られる遺伝的変動性は、一本鎖立体構造多型（SSCP）によっても分析されました。この手法により、ストレイン内変動の検出が可能になりました。これは、分離株における準種集団の存在に実際に関連していました。準種の不均一性は、発生で観察された症例と比較して、散発的な症例に由来する一部の分離株では高かった。ベネズエラからのHAV分離株の分子特性は、ユニークなサブ遺伝子型IAの循環を示しましたが、ウイルス集団内には多様な株と準専門が存在していました。
A型肝炎ウイルス（HAV）感染は、ベネズエラを含むラテンアメリカでは非常に一般的です。ブラジルを除いて、サブ遺伝型IAはほぼ排他的な方法で流通しているようです。この研究の目的は、循環株を特徴付け、散発的な症例における準種の存在と流行の発生を分析するために、ベネズエラのHAV感染の分子特性評価でした。散発性症例と流行の発生からの抗Hav IgMの合計125（113の血清および12の糞便）のサンプルを、VP1 N末端またはHAVゲノムの完全な領域を増幅するためにHEMIネストRT-PCRに提出しました。96ベネズエラの分離株から得られた配列を系統解析に使用しました。準ピース分布は、HAVアンプリコンのクローニングによって評価されました。ベネズエラからのHAV配列の系統解析では、サブ遺伝子型IAの排他的な循環が示されましたが、他の国では見られない2つの系統の共循環を示しました。ベネズエラ株の間で見られる遺伝的変動性は、一本鎖立体構造多型（SSCP）によっても分析されました。この手法により、ストレイン内変動の検出が可能になりました。これは、分離株における準種集団の存在に実際に関連していました。準種の不均一性は、発生で観察された症例と比較して、散発的な症例に由来する一部の分離株では高かった。ベネズエラからのHAV分離株の分子特性は、ユニークなサブ遺伝子型IAの循環を示しましたが、ウイルス集団内には多様な株と準専門が存在していました。
Hepatitis A virus (HAV) infection is highly prevalent in Latin America, including Venezuela. Subgenotype IA seems to circulate in an almost exclusive fashion, except in Brazil. The aim of this study was the molecular characterization of the HAV infection in Venezuela, in order to characterize the circulating strains and to analyze the presence of quasispecies in sporadic cases and an epidemic outbreak. A total of 125 (113 sera and 12 feces) samples positive for anti-HAV IgM from sporadic cases and epidemic outbreak, were submitted to hemi-nested RT-PCR for amplification of the VP1 N terminus or complete region of the HAV genome. Sequences obtained from 96 Venezuelan isolates were used for phylogenetic analysis. The quasispecies distribution was evaluated by cloning of HAV amplicons. Phylogenetic analysis of HAV sequences from Venezuela showed the exclusive circulation of subgenotype IA, but with co-circulation of two lineages, not found in other countries. The genetic variability found among Venezuelan strains was also analyzed by single-strand conformation polymorphism (SSCP). This technique allowed the detection of intra-strain variability, which was indeed related to the presence of quasispecies populations in the isolates. The quasispecies heterogeneity was higher in some isolates derived from sporadic cases compared to the one observed in the outbreak. The molecular characterization of HAV isolates from Venezuela showed the circulation of a unique subgenotype IA, but with the presence of diverse strains and quasispecies inside the viral populations.
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