ゲノム全体のSNPアソシエーション研究は、サラブレッド競走球の最適なレース距離の最も強力な予測因子として、馬ミオスタチン（MSTN）遺伝子の配列変異体（G66493737C> t）を確認します。

背景：何世紀にもわたってスピードとスタミナに寄与する特性のためにサラブレッドの馬が選択されてきました。身体的および生理学的特性の遺伝的変動は、人種距離の個々の適性の変動の原因であり、特に筋肉の表現型が重要であることが広く認識されています。 結果：n = 118エリートサラブレッドレースホルスのコホートでequinesnp50ビーズチップジェノタイピングアレイを使用して、最適なレース距離のゲノムワイドSNPアソシエーション研究を実施しました。コホートベースの関連テストでは、短距離（8 f以下のf）と中距離（> 8 f）レースに適した馬の間で40,977 SNPで遺伝子型の変動を評価しました。最も重要なSNPは、ミオスタチン（MSTN）をコードする遺伝子から染色体18：biec2-417495〜690 kbに配置されました[p（unadj。）= 6.96 x10⁻⁶]。定量的な表現型として最高の人種距離を考慮すると、染色体18（CHR18：65809482-67545806）の関連性のピークが1.7 MB領域を含む8つのSNPを含むことが観察されました。繰り返しますが、コホートベースの分析と同様に、最も重要なSNPはbiec2-417495（p（unadj。）= 1.61 x10⁻⁹; p（bonf。）= 6.58 x10⁻⁵）でした。候補遺伝子研究では、サラブレッドでのベストレース距離に関連するMSTNのSNP（G.66493737C> t）を以前に報告しました。しかし、その機能的およびゲノム全体の関連性は不確実でした。MSTN遺伝子の隣接領域での追加の再配列により、5 'UTRプロモーター配列に4つの新規3' UTR SNPと227 bpの正弦挿入多型が明らかになりました。結合の不均衡は、G.66493737C> TとBIEC2-417495（R²= 0.86）の間で最も高かった。 結論：比較関連テストでは、競走馬の距離適性の予測における優れたバリアントとしてG.66493737C> T SNPを一貫して実証しました（G.66493737C> t、P = 1.02 x10⁻¹⁰; biec2-417495、p（p（p（unadj。））= 1.61 x10⁻⁹）。この多型が推定上の転写因子結合に影響を与え、遺伝子とタンパク質の発現の変動を引き起こすかどうかを判断するには、機能的調査が必要です。それにもかかわらず、この研究は、G.66493737C> T SNPがサラブレッドの人種距離の適性を予測するための最も強力な遺伝マーカーを提供することを示しています。

BACKGROUND: Thoroughbred horses have been selected for traits contributing to speed and stamina for centuries. It is widely recognized that inherited variation in physical and physiological characteristics is responsible for variation in individual aptitude for race distance, and that muscle phenotypes in particular are important. RESULTS: A genome-wide SNP-association study for optimum racing distance was performed using the EquineSNP50 Bead Chip genotyping array in a cohort of n = 118 elite Thoroughbred racehorses divergent for race distance aptitude. In a cohort-based association test we evaluated genotypic variation at 40,977 SNPs between horses suited to short distance (≤ 8 f) and middle-long distance (> 8 f) races. The most significant SNP was located on chromosome 18: BIEC2-417495 ~690 kb from the gene encoding myostatin (MSTN) [P(unadj.) = 6.96 x 10⁻⁶]. Considering best race distance as a quantitative phenotype, a peak of association on chromosome 18 (chr18:65809482-67545806) comprising eight SNPs encompassing a 1.7 Mb region was observed. Again, similar to the cohort-based analysis, the most significant SNP was BIEC2-417495 (P(unadj.) = 1.61 x 10⁻⁹; P(Bonf.) = 6.58 x 10⁻⁵). In a candidate gene study we have previously reported a SNP (g.66493737C>T) in MSTN associated with best race distance in Thoroughbreds; however, its functional and genome-wide relevance were uncertain. Additional re-sequencing in the flanking regions of the MSTN gene revealed four novel 3' UTR SNPs and a 227 bp SINE insertion polymorphism in the 5' UTR promoter sequence. Linkage disequilibrium was highest between g.66493737C>T and BIEC2-417495 (r² = 0.86). CONCLUSIONS: Comparative association tests consistently demonstrated the g.66493737C>T SNP as the superior variant in the prediction of distance aptitude in racehorses (g.66493737C>T, P = 1.02 x 10⁻¹⁰; BIEC2-417495, P(unadj.) = 1.61 x 10⁻⁹). Functional investigations will be required to determine whether this polymorphism affects putative transcription-factor binding and gives rise to variation in gene and protein expression. Nonetheless, this study demonstrates that the g.66493737C>T SNP provides the most powerful genetic marker for prediction of race distance aptitude in Thoroughbreds.