タンパク質分析前のさまざまなラット脳構造のタンパク質沈殿法の比較

サンプルの準備は、プロテオミクスの方法論の基本的なステップです。プロテオーム実験の結果の質は、サンプルの性質とタンパク質の特性に依存します。この研究では、プロテオーム解析によってさまざまな治療前の方法が比較されました。クロロホルム/メタノール、アセトン、TCA/アセトンおよびTCAタンパク質沈殿手順の後、さまざまなラット脳構造を分析しました。上清のタンパク質含有量も2-DEで検査されました。4つのラット脳構造では、クロロホルム/メタノールとアセトンによる沈殿がトップダウンプロテオーム解析のために最高のタンパク質回収をもたらすことがわかりました。しかし、TCAの沈殿は、良好なタンパク質分離と2-DEで最も多くのタンパク質斑点をもたらしました。さらに、TCAの沈殿は、事前の超音波処理手順を実施した場合、タンパク質回収の効率を高めました。

Sample preparation is a fundamental step in proteomic methodologies. The quality of the results from a proteomic experiment is dependent on the nature of the sample and the properties of the proteins. In this study, various pre-treatment methods were compared by proteomic analysis; we analysed various rat brain structures after chloroform/methanol, acetone, TCA/acetone and TCA protein precipitation procedures. The protein content of the supernatant was also examined by 2-DE. We found that for four of the rat brain structures, precipitation with chloroform/methanol and acetone delivered the highest protein recovery for top-down proteomic analysis; however, TCA precipitation resulted in good protein separation and the highest number of protein spots in 2-DE. Moreover, TCA precipitation also gave high efficiency of protein recovery if prior sonication procedure was performed.