同時受容体の使用とV3ジェノタイピングアルゴリズムのHIV-1サブタイプB 'における予測給与採血者からの中国中央省での抗レトロウイルス療法を経験したこと

背景：この研究では、効果的に治療的レジメンを設計するために、中国中央州で抗レトロウイルス療法を経験した有料献血者からのHIV-1サブタイプB 'のV3ジェノタイプアルゴリズムの共受容体の使用と予測を調査しました。 方法：HIV-1株は、治療HIV-1感染症および治療不変のHIV-1感染症で分離され、その後、フローサイトメトリーを使用したゴースト細胞株に基づいてHIV-1株の共受容体の使用が特定されました。HIV-1 V3領域は増幅され、HIV-1共受容体の使用を予測するためにWebサーバー（WebPSSMおよびGeno2pheno）に提出されました。Webサーバーアッセイを使用した予測HIV-1使用の実現可能性は、Ghost細胞株に基づくHIV表現型アッセイとV3ジェノタイピングアルゴリズムの予測を比較することにより分析されました。 結果：45のHIV-1株と114のHIV-1株を、それぞれ抗レトロウイルス療法と治療に曝露したHIV-1感染から分離されました。ART患者からの41％の臨床ウイルス、治療を受けていない患者からの18％はCXCR4を共受容体として使用しました。V3ループの正味電荷は、両方のグループで有意な差でした。共受容体容量を予測するための感度と特異性は、11/25ルールで54.6％および90.0％、Web-PSSM（X4R5）で50.0％および90％、Geno2Pheno [Co-Receptor]で68.2％および40.0％です。 結論：Dual/Mixed/X4共受容体の利用は、治療に富む患者よりもART患者の方が高かった。中国中央部で抗レトロウイルス療法を経験した給与採血者からのHIV-1サブタイプB 'のV3ジェノタイプアルゴリズムに基づいて、HIV-1共受容体の使用を予測することに注意を払う必要があります。

BACKGROUND: This study explored co-receptor usage and prediction of V3 genotyping algorithms in HIV-1 subtype B' from paid blood donors experienced anti-retroviral therapy in Chinese central province in order to design effectively therapeutic regimen. METHODS: HIV-1 strains were isolated in treatment HIV-1 infections and treatment-naïve HIV-1 infections, then co-receptor usage of HIV-1 strains was identified based on Ghost cell lines using flow cytometry. HIV-1 V3 region was amplified and submitted into web-server (WebPSSM and geno2pheno) to predict HIV-1 co-receptor usage. The feasibility of prediction HIV-1 usage with Web-server assay was analyzed by comparing prediction of V3 genotyping algorithms with HIV phenotype assay based on Ghost cell line. RESULTS: 45 HIV-1 strains and 114 HIV-1 strains were isolated from HIV-1 infections exposed anti-retroviral therapy and treatment-naïve, respectively. 41% clinical viruses from ART patients and 18% from treatment-naïve patients used CXCR4 as co-receptor. The net charge in the V3 loop was significantly difference in both groups. The sensitivity and specificity for predicting co-receptor capacity is 54.6% and 90.0% on 11/25 rule, 50.0% and 90% on Web-PSSM(x4r5), 68.2% and 40.0% on Geno2pheno[co-receptor]. CONCLUSION: Dual/mixed/X4 co-receptor utilization was higher in ART patients than treatment-naïve patients. It is should paid attention to predicting HIV-1 co-receptor usage based on V3 genotyping algorithms in HIV-1 subtype B' from paid blood donors experienced anti-retroviral therapy in Chinese central province.