コンフォメーションダイナミクスデータバンク：タンパク質と超分子タンパク質アセンブリの立体構造ダイナミクスのデータベース

コンフォメーションダイナミクスデータバンク（CDDB、http：//www.cdyn.org）は、高分子量タンパク質とタンパク質アセンブリの立体構造ダイナミクスに関する包括的な結果を提供することを目的とするデータベースです。分析は、電子顕微鏡データバンク（EMDB）に存在する構造の大部分に適用される最近導入された粗粒の計算アプローチを使用して実行されます。結果には、一般的に剛体と柔軟なタンパク質ドメインを識別する平衡熱変動と弾性ひずみエネルギー分布、および特定の機能的遷移に関連するものと、アロステリックメカニズムに影響を与え、動的に高度に結合した分子領域を特定する分子運動の相関が含まれます。実用的なWebベースの検索インターフェイスにより、ユーザーはさまざまな形式でコンフォメーションダイナミクスデータを簡単に収集できます。データバンクは維持され、自動的に更新され、EMDBで利用可能になる新しい構造エントリのコンフォメーションダイナミクス結果が含まれています。CDDBは、細胞機能に不可欠なタンパク質とタンパク質アセンブリの生物学的機能の調査と解釈を促進するために、静的な構造情報を補完します。

The conformational dynamics data bank (CDDB, http://www.cdyn.org) is a database that aims to provide comprehensive results on the conformational dynamics of high molecular weight proteins and protein assemblies. Analysis is performed using a recently introduced coarse-grained computational approach that is applied to the majority of structures present in the electron microscopy data bank (EMDB). Results include equilibrium thermal fluctuations and elastic strain energy distributions that identify rigid versus flexible protein domains generally, as well as those associated with specific functional transitions, and correlations in molecular motions that identify molecular regions that are highly coupled dynamically, with implications for allosteric mechanisms. A practical web-based search interface enables users to easily collect conformational dynamics data in various formats. The data bank is maintained and updated automatically to include conformational dynamics results for new structural entries as they become available in the EMDB. The CDDB complements static structural information to facilitate the investigation and interpretation of the biological function of proteins and protein assemblies essential to cell function.