WebPrank：インタラクティブアライメントブラウザーを備えた系統発生を認識しているマルチシーケンスアライナー

背景：系統発生を認識している進行性アライメントは、系統発生アライメントベンチマークでうまく機能し、コドンシーケンスでの選択の推論のために優れたアラインメントを生成することがわかっています。いたずらアライメントプログラムパッケージでの実装により、複雑な進化プロセスのモデリングと、各異なるシナリオの下で進化するシーケンスサイトの事後確率の推論も、シーケンスのアラインメントと同時に、または既存のアライメントの後処理ステップとして同時に進化します。これにより、多くの高度な機能を備えたソフトウェアが発生し、ユーザーは最適なアラインメントを生成したり、アライメント結果の完全な情報を視覚化したり、これらの結果を後処理したりすることが困難になる場合があります。アライメントサイトのサブセットを客観的に選択します。 結果：WebPrankと呼ばれるWebサーバーを作成しました。これは、Prank Phylogeny-Aware Alignment Algorithmに使いやすいインターフェイスを提供します。WebPrankサーバーは、DNA、タンパク質、コドン配列のアライメント、およびcDNAのタンパク質翻訳されたアラインメントをサポートし、ゲノム配列のアライメントのための組み込み構造モデルを含んでいます。結果のアライメントは、進化シーケンス分析で広く使用されているさまざまな形式でエクスポートできます。WebPrankサーバーには、シーケンスに関連するクラドグラムのコンテキストでの結果の視覚化と後処理のための強力なWebベースのアライメントブラウザーも含まれており、後部の信頼性を持つアライメントカラムを（例えば）除去できるようにします。de novoアラインメントに加えて、WebPrankは、系統発生的に現実的なギャップパターンを備えた祖先シーケンスの推論、および既存のアライメントの注釈と後処理に使用できます。WebPrankサーバーは、http：//tinyurl.com/webprankのWebで無料で入手できます。 結論：WebPrankサーバーには、使いやすいWebインターフェイスに系統発生を意識した複数のシーケンスアラインメント、視覚化、および後処理が組み込まれています。系統発生を認識した複数のシーケンスアラインメントのユーザーベースを拡大し、標準のWebブラウザーのみを使用して、小さなシーケンス分析プロジェクトのすべてのアライメント関連アクティビティのパフォーマンスを可能にします。

BACKGROUND: Phylogeny-aware progressive alignment has been found to perform well in phylogenetic alignment benchmarks and to produce superior alignments for the inference of selection on codon sequences. Its implementation in the PRANK alignment program package also allows modelling of complex evolutionary processes and inference of posterior probabilities for sequence sites evolving under each distinct scenario, either simultaneously with the alignment of sequences or as a post-processing step for an existing alignment. This has led to software with many advanced features, and users may find it difficult to generate optimal alignments, visualise the full information in their alignment results, or post-process these results, e.g. by objectively selecting subsets of alignment sites. RESULTS: We have created a web server called webPRANK that provides an easy-to-use interface to the PRANK phylogeny-aware alignment algorithm. The webPRANK server supports the alignment of DNA, protein and codon sequences as well as protein-translated alignment of cDNAs, and includes built-in structure models for the alignment of genomic sequences. The resulting alignments can be exported in various formats widely used in evolutionary sequence analyses. The webPRANK server also includes a powerful web-based alignment browser for the visualisation and post-processing of the results in the context of a cladogram relating the sequences, allowing (e.g.) removal of alignment columns with low posterior reliability. In addition to de novo alignments, webPRANK can be used for the inference of ancestral sequences with phylogenetically realistic gap patterns, and for the annotation and post-processing of existing alignments. The webPRANK server is freely available on the web at http://tinyurl.com/webprank . CONCLUSIONS: The webPRANK server incorporates phylogeny-aware multiple sequence alignment, visualisation and post-processing in an easy-to-use web interface. It widens the user base of phylogeny-aware multiple sequence alignment and allows the performance of all alignment-related activity for small sequence analysis projects using only a standard web browser.