3'UTRプライミングSNP検出アプローチを使用して、アトランティックサーモン（SALMO SALAR）遺伝子における標的SNP発見

背景：単一のヌクレオチド多型（SNP）は、脊椎動物の最も広範なタイプのDNA変異を表しており、さまざまな用途の遺伝マーカーとして使用できます。これにより、非モデル種と養殖動物のSNPマーカーの識別への関心が高まっています。アトランティックサーモン（Salmo Salar）で最も既知のSNPの発見に使用されるIn Silico SNPマイニング方法は、グローバルな（ゲノム全体の）アプローチを適用しました。この研究では、SALMO SALARフルレングスシーケンスcDNA（FLICS）のシーケンスデータを利用するターゲットを絞った3'UTRプライミングSNP発見戦略を提示します。ターゲットを絞ったSNP発見に両方の方法を使用する場合、この新しい戦略の効率をIn Silico SNPマイニング方法と比較します。 結果：2つの方法のSNP発見効率は、FLIC標的遺伝子のセットでテストされました。3'utr-primed SNP発見法は、標的遺伝子の35％で新規SNPを検出し、in silico SNPマイニング法は標的遺伝子の15％で新規SNPを検出しました。さらに、3'UTRプライミングされたSNP発見戦略は労働集約的な戦略ではなく、初期増幅ステップでのインシリコSNPマイニング法よりも高い成功率を明らかにしました。方法をテストするとき、88のサーモン遺伝子[DBSNP：SS179319972-179320081、SS250608647-250608648]で112の新規の二相多型（I型マーカー）を発見しました。 結論：フルレングスインサートcDNA（FLICS）は、多くの養殖動物で開発された重要なゲノムリソースです。3'UTRプライミングされたSNPディスカバリー戦略は、FLICデータを使用して、部分的に四倍体アトランティックサーモンの新規SNPを検出しました。したがって、この戦略は、いくつかの種での標的SNP発見に役立つ可能性があり、特にサルモニドのようにゲノムが複製している種では役立ちます。

BACKGROUND: Single nucleotide polymorphisms (SNPs) represent the most widespread type of DNA variation in vertebrates and may be used as genetic markers for a range of applications. This has led to an increased interest in identification of SNP markers in non-model species and farmed animals. The in silico SNP mining method used for discovery of most known SNPs in Atlantic salmon (Salmo salar) has applied a global (genome-wide) approach. In this study we present a targeted 3'UTR-primed SNP discovery strategy that utilizes sequence data from Salmo salar full length sequenced cDNAs (FLIcs). We compare the efficiency of this new strategy to the in silico SNP mining method when using both methods for targeted SNP discovery. RESULTS: The SNP discovery efficiency of the two methods was tested in a set of FLIc target genes. The 3'UTR-primed SNP discovery method detected novel SNPs in 35% of the target genes while the in silico SNP mining method detected novel SNPs in 15% of the target genes. Furthermore, the 3'UTR-primed SNP discovery strategy was the less labor intensive one and revealed a higher success rate than the in silico SNP mining method in the initial amplification step. When testing the methods we discovered 112 novel bi-allelic polymorphisms (type I markers) in 88 salmon genes [dbSNP: ss179319972-179320081, ss250608647-250608648], and three of the SNPs discovered were missense substitutions. CONCLUSIONS: Full length insert cDNAs (FLIcs) are important genomic resources that have been developed in many farmed animals. The 3'UTR-primed SNP discovery strategy successfully utilized FLIc data to detect novel SNPs in the partially tetraploid Atlantic salmon. This strategy may therefore be useful for targeted SNP discovery in several species, and particularly useful in species that, like salmonids, have duplicated genomes.