Pseudomonas putida KT2440のコールド適応の初期段階の機能的ゲノミクス

Pseudomonas putida KT2440の冷たいストレス反応は、ゲノムワイドの深いcDNAシーケンスとゲルを含まないMSベースのタンパク質プロファイリングによって調査されました。トランスクリプトームプロファイルとプロテオームプロファイルは、30°Cと2時間後に30°Cから2時間後に評価されました。Pseudomonas Putidaは、翻訳効率を促進するリボソーム関連の機能モジュールの活性化により、周囲温度が低下するように適応しました。外膜プロファイルが再編成され、同化経路とコア、およびエネルギー代謝が抑制され、アルギン酸レギュロンと糖異化が活性化されました。寒冷適応の初期の時点で、トランスクリプトームはほとんどすべての機能カテゴリで再プログラムされましたが、タンパク質プロファイルは寒さの生活条件の変化にまだ適応していませんでした。

The cold stress response of Pseudomonas putida KT2440 was investigated by genomewide deep cDNA sequencing and gel-free MS-based protein profiling. Transcriptome and proteome profiles were assessed at 30°C and 2 h after a downshift from 30 to 10°C. Pseudomonas putida adapted to lower ambient temperature by the activation of ribosome-associated functional modules that facilitate translational efficiency. The outer membrane profile was reorganized, anabolic pathways and core as well as energy metabolism were repressed and the alginate regulon and sugar catabolism were activated. At the investigated early time point of cold adaptation, the transcriptome was reprogrammed in almost all functional categories, but the protein profile had still not adapted to the change of living conditions in the cold.