MEME-CHIP：大規模なDNAデータセットのモチーフ分析

動機：ハイスループットシーケンスの進歩により、転写因子（TF）チップセック実験から生じるものを含む大規模で高品質のデータセットが急速に成長しました。このようなデータセットでTFバインディングサイトモチーフを発見するための既存のツールはたくさんありますが、ほとんどのWebベースのツールはこのような大きなデータセットを直接処理することはできません。 結果：MEME-CHIP Webサービスは、ChIP-seq 'Peak領域」を分析するように設計されています。一連のゲノム領域を考えると、（i）ab initioモチーフ発見、（ii）モチーフ濃縮分析、（iii）モチーフ視覚化、（iv）結合親和性分析、および（v）モチーフ識別を実行します。入力データ（MEMEとDREEM）で2つの補完的なモチーフディスカバリーアルゴリズムを実行し、その後の視覚化、結合親和性、識別ステップで発見するモチーフを使用します。MEME-CHIPは、AMEアルゴリズムを使用してモチーフ濃縮分析も実行します。これにより、既知のDNA結合モチーフを持つTFSの結合部位の非常に低いレベルの濃縮を検出できます。重要なことに、Meme Webサービスとは異なり、アップロードされたシーケンスのサイズまたは数に制限がなく、非常に大きなチップセックデータセットを分析できるようにします。MEME-CHIPによって実行される分析により、ユーザーは、チップED TFの結合および調節活動のさまざまなビューを提供し、他のDNA結合TFの関与の可能性を提供します。 可用性：Meme-chipは、http://meme.nbcr.netのMeme Suiteの一部として入手できます。

MOTIVATION: Advances in high-throughput sequencing have resulted in rapid growth in large, high-quality datasets including those arising from transcription factor (TF) ChIP-seq experiments. While there are many existing tools for discovering TF binding site motifs in such datasets, most web-based tools cannot directly process such large datasets. RESULTS: The MEME-ChIP web service is designed to analyze ChIP-seq 'peak regions'--short genomic regions surrounding declared ChIP-seq 'peaks'. Given a set of genomic regions, it performs (i) ab initio motif discovery, (ii) motif enrichment analysis, (iii) motif visualization, (iv) binding affinity analysis and (v) motif identification. It runs two complementary motif discovery algorithms on the input data--MEME and DREME--and uses the motifs they discover in subsequent visualization, binding affinity and identification steps. MEME-ChIP also performs motif enrichment analysis using the AME algorithm, which can detect very low levels of enrichment of binding sites for TFs with known DNA-binding motifs. Importantly, unlike with the MEME web service, there is no restriction on the size or number of uploaded sequences, allowing very large ChIP-seq datasets to be analyzed. The analyses performed by MEME-ChIP provide the user with a varied view of the binding and regulatory activity of the ChIP-ed TF, as well as the possible involvement of other DNA-binding TFs. AVAILABILITY: MEME-ChIP is available as part of the MEME Suite at http://meme.nbcr.net.