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ペチュニアは、特に遺伝的、生理学的、分子研究のための優れたモデルシステムです。ただし、これまでのところ、シーケンス情報が不足しているため、ゲノム全体の発現分析がめったに適用されていません。次世代シーケンスを適用して、De Novo Read Assemblyを通じて、Petunia axillarisとPetunia Infataのトランスクリプトの大きなカタログを生成しました。両方のトランスクリプトームに基づいて、遺伝子発現分析のための包括的なマイクロアレイチップが確立され、ペチュニアaxillarisおよびPetunia inflataにおける臓器特異的遺伝子発現の分析に使用され、ペチュニアでの種子コートの欠損の分子基盤の探求に使用されます。Hybrida Mutant、Anthocyanin 11（AN11）、WD40-Reepeat（WDR）転写レギュレーターがない。野生型と比較してAN11種子で差別的に発現した転写産物の中で、AN11の多くの予想される標的が見つかりましたが、種子コートの形態形成に役割を果たす可能性のあるいくつかの興味深い新しい候補者も見つかりました。我々の結果は、次世代シーケンスとマイクロアレイ分析戦略の組み合わせを検証して、ゲノムの事前の知識なしに2つのペチュニア種のトランスクリプトームを特定し、P。axillaris、P。の遺伝子発現の分析に役立つツールとして包括的なチップを開発することを検証します。インフラトとP.ハイブリダ。
ペチュニアは、特に遺伝的、生理学的、分子研究のための優れたモデルシステムです。ただし、これまでのところ、シーケンス情報が不足しているため、ゲノム全体の発現分析がめったに適用されていません。次世代シーケンスを適用して、De Novo Read Assemblyを通じて、Petunia axillarisとPetunia Infataのトランスクリプトの大きなカタログを生成しました。両方のトランスクリプトームに基づいて、遺伝子発現分析のための包括的なマイクロアレイチップが確立され、ペチュニアaxillarisおよびPetunia inflataにおける臓器特異的遺伝子発現の分析に使用され、ペチュニアでの種子コートの欠損の分子基盤の探求に使用されます。Hybrida Mutant、Anthocyanin 11（AN11）、WD40-Reepeat（WDR）転写レギュレーターがない。野生型と比較してAN11種子で差別的に発現した転写産物の中で、AN11の多くの予想される標的が見つかりましたが、種子コートの形態形成に役割を果たす可能性のあるいくつかの興味深い新しい候補者も見つかりました。我々の結果は、次世代シーケンスとマイクロアレイ分析戦略の組み合わせを検証して、ゲノムの事前の知識なしに2つのペチュニア種のトランスクリプトームを特定し、P。axillaris、P。の遺伝子発現の分析に役立つツールとして包括的なチップを開発することを検証します。インフラトとP.ハイブリダ。
Petunia is an excellent model system, especially for genetic, physiological and molecular studies. Thus far, however, genome-wide expression analysis has been applied rarely because of the lack of sequence information. We applied next-generation sequencing to generate, through de novo read assembly, a large catalogue of transcripts for Petunia axillaris and Petunia inflata. On the basis of both transcriptomes, comprehensive microarray chips for gene expression analysis were established and used for the analysis of global- and organ-specific gene expression in Petunia axillaris and Petunia inflata and to explore the molecular basis of the seed coat defects in a Petunia hybrida mutant, anthocyanin 11 (an11), lacking a WD40-repeat (WDR) transcription regulator. Among the transcripts differentially expressed in an11 seeds compared with wild type, many expected targets of AN11 were found but also several interesting new candidates that might play a role in morphogenesis of the seed coat. Our results validate the combination of next-generation sequencing with microarray analyses strategies to identify the transcriptome of two petunia species without previous knowledge of their genome, and to develop comprehensive chips as useful tools for the analysis of gene expression in P. axillaris, P. inflata and P. hybrida.
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