Cy5標識ループプローブを使用した変更されたループハイブリッドモビリティシフトアッセイを使用したUGT1A1多型のシンプルかつ正確な検出

背景：トポイソメラーゼIの阻害剤であるイリノテカンは、重要な抗がん治療薬として広く使用されています。過敏な患者における薬物の有害な効果は、UGT1A1遺伝子の遺伝的多型、すなわち多型変異体、 *28および *6に関連することが知られています。 方法：Cy5タグ付きループハイブリッドプローブを使用したループハイブリッドモビリティシフトアッセイの修正形式は、 *28遺伝子座での繰り返し多型を繰り返す正確で簡単な方法として提案されました。 結果：この修正された方法では、PCR産物のTA繰り返しによるいくつかの不規則な電気泳動帯域にもかかわらず、ループハイブリッドバンドのみがCy5蛍光シグナルによって検出されました。 結論： *28軌跡と *6軌跡にCy5タグ付きプローブを使用したループハイブリッドを組み合わせて、モビリティシフトアッセイに使用した場合、 *28と *6のバリアントの同時タイピングが単一のレーンで達成されました。

BACKGROUND: Irinotecan, an inhibitor of topoisomerase I, has been widely used as an important anti-cancer therapeutic drug. Deleterious effects of the drug in hypersensitive patients are known to be associated with genetic polymorphisms of the UGT1A1 gene, namely the polymorphic variants, *28 and *6. METHODS: A modified form of loop-hybrid mobility shift assay using a Cy5-tagged loop-hybrid probe was proposed as a precise and easy method of determining TA repeat polymorphisms at the *28 locus. RESULTS: In this modified method, only loop-hybrid bands were detected by a Cy5-fluorescent signal, despite several irregular electrophoretic bands due to TA repeats in the PCR product. CONCLUSIONS: When a loop-hybrid using a Cy5-tagged probe for the *28 locus and *6 locus were combined and used for mobility shift assay, simultaneous typing of the *28 and *6 variants was achieved in a single lane.