パルスフィールドアガロースゲル電気泳動の使用カンピロバクター種のサイズゲノムとカンピロバクタージェジュニUA580のサリマップを構築する

カンピロバクタージェジュニの染色体の物理的長さを決定するために、ゲノムは一連の制限エンドヌクレアーゼによって消化され、少数の大きな制限断片を生成しました。次に、これらのフラグメントは、輪郭を描いた均一な電界システムでパルスフィールドゲル電気泳動によって分離されました。G+C含有量が低いC. jejuniのDNAには、酵素NotiおよびSFIIの制限部位がないことがわかりました。これにより、高G+C領域が削減されました。使用された制限酵素のほとんどは、酵素サリ（5 '... gがTCGAG ... 3'を減少させる）を除き、ゲノムサイズの決定には多すぎるか小さすぎるDNAフラグメントをもたらしました。5 '.... CCCはGGGを減少させます.... 3'）、KPNI（5 '... GGTACはC .... 3'を減少させます）。サリの場合、平均値は48.5、80、110、220、280、および980キロ塩基（KB）の6つの制限断片が得られました。これらのフラグメントの合計は、1.718メガベース（MB）の平均ゲノムサイズを生成しました。SMAIでは、平均値が39〜371 kbの範囲の9つの制限フラグメントで、1.726 MBの平均ゲノムサイズが得られたものが得られました。KPNIでは、35〜387.5 kbの範囲のサイズの11の制限フラグメントが得られ、1.717 MBの平均ゲノムサイズが得られました。サリ制限マップは、C。jejuniDNAの部分的な消化によって導出されました。C. laridis、C。coli、およびC. fetusのゲノムサイズも、Sali、Smai、およびKpni消化により、輪郭を描いた均一な電界システムで決定されました。平均ゲノムサイズは、C。oliで1.714 MB、C。fetussubspの場合は1.267 Mbであることがわかりました。C. laridisの胎児、および1.451 MB。

To determine the physical length of the chromosome of Campylobacter jejuni, the genome was subjected to digestion by a series of restriction endonucleases to produce a small number of large restriction fragments. These fragments were then separated by pulsed-field gel electrophoresis with the contour-clamped homogeneous electric field system. The DNA of C. jejuni, with its low G+C content, was found to have no restriction sites for enzymes NotI and SfiI, which cut a high-G+C regions. Most of the restriction enzymes that were used resulted in DNA fragments that were either too numerous or too small for genome size determination, with the exception of the enzymes SalI (5' ... G decreases TCGAG ... 3'), SmaI (5' .... CCC decreases GGG .... 3'), and KpnI (5' ... GGTAC decreases C .... 3'). With SalI, six restriction fragments with average values of 48.5, 80, 110, 220, 280, and 980 kilobases (kb) were obtained when calibrated with both a lambda DNA ladder and yeast Saccharomyces cerevisiae chromosome markers. The sum of these fragments yielded an average genome size of 1.718 megabases (Mb). With SmaI, nine restriction fragments with average values ranging from 39 to 371 kb, which yielded an average genome size of 1.726 Mb were obtained. With KpnI, 11 restriction fragments with sizes ranging from 35 to 387.5 kb, which yielded an average genome size of 1.717 Mb were obtained. A SalI restriction map was derived by partial digestion of the C. jejuni DNA. The genome sizes of C. laridis, C. coli, and C. fetus were also determined with the contour-clamped homogeneous electric field system by SalI, SmaI, and KpnI digestion. Average genome sizes were found to be 1.714 Mb for C. coli, 1.267 Mb for C. fetus subsp. fetus, and 1.451 Mb for C. laridis.