Thermo-MSF-Parser：Thermo Proteome Discoverer MSFファイルを解析および視覚化するためのオープンソースJavaライブラリ

Thermo Proteome Discovererプログラムは、ペプチド同定と定量化の両方を、ペプチド中心のプロテオミクスの単一のワークフローに統合します。さらに、Thermo Mass Spectrometersとの密接な統合により、この分野でますます人気が高まっています。ここでは、プロテオーム発見者の出力を構成するMSFファイルを解析するJavaライブラリを提示します。パーサーは、MSFファイルで見つかった情報に便利なアクセスを可能にするグラフィカルユーザーインターフェイスとしても実装されており、定量的プロテオミクス情報を分析および検証するプログラムであるRoverにも実装されています。すべてのコード、バイナリ、ドキュメントは、http：//thermo-msf-parser.googlecode.comで無料で入手できます。

The Thermo Proteome Discoverer program integrates both peptide identification and quantification into a single workflow for peptide-centric proteomics. Furthermore, its close integration with Thermo mass spectrometers has made it increasingly popular in the field. Here, we present a Java library to parse the msf files that constitute the output of Proteome Discoverer. The parser is also implemented as a graphical user interface allowing convenient access to the information found in the msf files, and in Rover, a program to analyze and validate quantitative proteomics information. All code, binaries, and documentation is freely available at http://thermo-msf-parser.googlecode.com.