LCMによる固形腫瘍の不均一性と新鮮な凍結組織切片の生物学的MSのプロファイリング

固形腫瘍の不均一な性質は、質量分析（MS）ベースの新鮮な組織標本の一般的な問題を表しています。ここでは、固形腫瘍の分子プロファイリングの強化のために、レーザーキャプチャマイクロディセクション（LCM）とMSの相乗効果に依存する方法について説明します。この方法では、LCMを介した薄い新鮮な凍結組織切片からの均質な組織細胞タイプの液体クロマトグラフィー（LC）-MS分析と組み合わせた均一な組織細胞タイプの分離を伴います。このようなアプローチにより、捕獲された細胞の詳細な分子プロファイリングが可能になります。これはボトムアッププロテオームアプローチであり、特定のプロテオームデータベースに対するペプチドシーケンスとマッチングを通じてタンパク質が同定されます。溶解、可溶化、および消化は、単一のチューブを使用して緩衝メタノールのLCMキャップで直接実行されるため、サンプルの損失が最小化され、これらのステップ間のサンプル損失が減少します。LCM-MS結合の理論的根拠は、一度、関心のある固形腫瘍のために最適な方法パラメーターが確立されると、均一な組織腫瘍/組織細胞（すなわち、腫瘍適切な、間質など）が潜在的なバイオマーカー、薬物のために効果的に研究できることです。ターゲット、経路分析、および研究中の病理学的プロセスの理解の向上。

The heterogeneous nature of solid tumors represents a common problem in mass spectrometry (MS)-based analysis of fresh-frozen tissue specimens. Here, we describe a method that relies on synergy between laser capture microdissection (LCM) and MS for enhanced molecular profiling of solid tumors. This method involves dissection of homogeneous histologic cell types from thin fresh-frozen tissue sections via LCM, coupled with liquid chromatography (LC)-MS analysis. Such an approach enables an in-depth molecular profiling of captured cells. This is a bottom-up proteomic approach, where proteins are identified through peptide sequencing and matching against a specific proteomic database. Sample losses are minimized, since lysis, solubilization, and digestion are carried out directly on LCM caps in buffered methanol using a single tube, thus reducing sample loss between these steps. The rationale for the LCM-MS coupling is that once the optimal method parameters are established for a solid tumor of interest, homogeneous histologic tumor/tissue cells (i.e., tumor proper, stroma, etc.) can be effectively studied for potential biomarkers, drug targets, pathway analysis, as well as enhanced understanding of the pathological process under study.