MC1R遺伝子シーケンスから推測される野生の黒いラット（ラッタスラッタス）のアグーチメラニズム多型の起源

黒いラット（ラッタスラッタス種複合体）のコートの色の変動の根底にあるヌクレオチドの変化を調べました。これは、灰色がかった茶色（アグチ）または黒（メラニスティック）のいずれかを含む背面の毛皮の色の多型を示します。他の脊椎動物メラノコルチン-1-受容体遺伝子MC1R（954 bp）でメラニズムを産生することが知られている遺伝子の完全なコーディング配列を調べました。R. tanezumi; 2n = 42）。核型が知られている個人とパキスタンの4つのサンプルを備えた日本の61の標本を使用しました。11の対立遺伝子シーケンスを見つけ、2つの種を表す2つの異なるクラスターを示す2つの異なるクラスターを示すネットワークツリーを構築しました。グルタミン酸からリジンへのアミノ酸変化を生成するGからA部位280のGからAにヌクレオチド置換が、R。rattusのコート色のメラニズムの形の主要な特性と関連していることがわかりました。特に、導出されたSNP 280Aは単一の対立遺伝子で見つかり、祖先SNP 280Gは7つの対立遺伝子に存在していました。対照的に、R。tanezumiの3つの対立遺伝子はすべて、先祖のSNP 280gを保持しています。これらの結果は、R。rattusのメラニズムの最近の起源の可能性を示唆しています。

We examined nucleotide changes that underlie coat color variation in Black Rats (the Rattus rattus species complex), which show polymorphism in dorsal fur color, including either grayish brown (agouti) or black (melanistic) forms. We examined the full coding sequence of a gene known to produce melanism in other vertebrates-melanocortin-1-receptor gene Mc1r (954 bp) -using samples of both R. rattus (with 2n = 38) and its close relative Asian Black Rat (R. tanezumi; 2n = 42). We used 61 specimens from Japan with karyotype-known individuals and four samples from Pakistan. We found 11 allele sequences and constructed a network tree that shows two distinct clusters, with allelic segregation according to karyotype and by inference, representing the two species. We found that a nucleotide substitution from G to A at site 280, producing an amino acid change from glutamic acid to lysine, was associated with the dominant trait of the melanistic form of the coat color in R. rattus. Notably, the derived SNP 280A was found in a single allele, with the ancestral SNP 280G present in seven alleles. By contrast, all three alleles for R. tanezumi retain the ancestral SNP 280G. These results suggest a possible recent origin of melanism in R. rattus.