標識プロテオームの抗体アレイ分析：どのように特異性を制御する必要がありますか？

多重化されたアッセイでタンパク質バインダーを使用する研究者は、2つのキャンプに分割できます。すべてのタンパク質のバインダーを開発すると、プロテオーム全体のカバレッジを備えたアレイが現実になると考えられます。懐疑論者は、固定化されたタンパク質バインダーとサンプル標識による検出は必要な特異性を提供しないと主張しています。この記事では、標識サンプルの抗体アレイ分析が意味のあるデータを提供し、懐疑論者によって提起された問題を議論できることを示す証拠をレビューします。私たちは、単一特異性の証拠を指示していることはまだ公開されていないと主張します。これには、各バインダーによって捕捉されたタンパク質を解決するように設計されたアッセイが必要です。1つの選択肢は、アレイ測定とタンパク質分離を組み合わせることです。マイクロスフィアベースのアレイ（サイズマップ、サイズ除外クロマトグラフィー分解ミクロスフェアベースのアフィニティプロテオミクス）との接触の前に、サンプルタンパク質がサイズ除外クロマトグラフィー（SEC）によって分離されるアッセイを開発しました。効果は「抗体アレイウエスタンブロット」であり、固定化バインダーの反応性はサンプル内のタンパク質のサイズに対して解決されます。サイズマップは、単一特異的および多反応性抗体を識別し、同じターゲットとの反応の自動検出に役立つことを示します。アレイベースの測定で特異性を直接テストする可能性は、最適なバインダーを選択し、プロテオームのDNAマイクロアレイが現実的な目標であるかどうかを判断するのに役立つはずです。

Researchers who use protein binders in multiplexed assays can be divided into two camps. One believes that arrays with proteome-wide coverage will become a reality once we have developed binders for all proteins. The sceptics claim that detection with immobilized protein binders and sample labelling will not provide the required specificity. In this article, we review the evidence showing that antibody array analysis of labelled samples can provide meaningful data and discuss the issues raised by the sceptics. We argue that direct the evidence for monospecificity has yet to be published. This will require assays designed to resolve the proteins captured by each binder. One option is to combine array measurement with protein separation. We have developed an assay where labelled sample proteins are separated by size exclusion chromatography (SEC) before contact with microsphere-based arrays (Size-MAP; size exclusion chromatography-resolved microsphere-based affinity proteomics). The effect is an 'antibody array Western blot' where reactivity of immobilized binders is resolved against the size of the proteins in the sample. We show that Size-MAP is useful to discriminate monospecific- and polyreactive antibodies and for automatic detection of reacting with the same target. The possibility to test specificity directly in array-based measurement should be useful to select the best binders and to determine whether the DNA microarray for the proteome is a realistic goal or not.