糞便培養の生殖マウスと糞便マウスのビフィドバクテリウム株yakultトランスクリプトームの比較

ビフィドバクテリアは人間の健康に有益ですが、メカニズムは不明のままです。オリゴヌクレオチドマイクロアレイを使用して、マウス腸で特異的に上方制御されたビフィドバクテリウムブレブ株（BBRY）遺伝子を特定しました。無菌マウスおよび糞便培養におけるBBRY転写反応に基づいて、K-meansクラスタリングは、マウス腸で上方制御された93の遺伝子をピックアップし、その後、マウス腸と糞便培養の両方で上方制御された遺伝子を除外して、マウスのインテストで特異的に特異的に特異的に調節された45遺伝子を除外しました。これらの遺伝子のほとんどは、いくつかの遺伝子の機能は不明ですが、砂糖輸送または砂糖の解放に関与しています。これらの遺伝子のほとんどは、BBRYゲノム上にクラスター化されており、オペロンに組織化されているようです。いくつかの遺伝子の発現をリアルタイムPCRによってさらに調査し、それらの発現プロファイルがマウス盲腸と結腸で同一であることを明らかにしました。砂糖の自由化と取り込みに関与する遺伝子のアップレギュレーションは、BBRYがマウス腸内のエネルギー恒常性を維持する可能性があることを示唆しています。

Bifidobacteria are beneficial to human health, but the mechanism remains unknown. We employed oligonucleotide microarrays to identify the Bifidobacterium breve strain Yakult (BbrY) genes up-regulated specifically in mouse intestine. Based on BbrY transcriptional responses in germ-free mice and in fecal cultures, k-means clustering picked up 93 genes that were up-regulated in the mouse intestine and thereafter Venn analysis to exclude genes that were up-regulated in both the mouse intestine and the fecal culture classified 45 genes as up-regulated specifically in the mouse intestine. Most of those genes are involved in sugar transport or sugar liberation, although the functions of several genes are unknown. Most of these genes are clustered on the BbrY genome and appear to be organized into operons. Expressions of several genes were further investigated by real time PCR, revealing that their expression profiles were identical in the mouse cecum and colon. The up-regulation of genes involved in sugar liberalization and uptake suggests that BbrY could possibly maintain energy homeostasis inside the mouse intestine, which contains low quantities of readily fermentable sugars.