真菌細胞特性のオントロジー

無効：• 研究の前提：真菌の生命の樹木プロジェクトの組み立てで使用される真菌の細胞内オントロジーは、高レベルの真菌系で使用される広範な細胞内キャラクターと特性状態を明確にし、統合するために設計された分類群全体のオントロジー（属性の制御された語彙）です。藻類と同様に、細胞特性は王国菌の重要な系統マーカーです。真菌の細胞内オントロジーは、主に研究者、特に系統主義者が真菌全体の細胞内特性に関する情報を探すのに役立つために開発されており、遺伝子オントロジーを含む既存の生物学的オントロジーを補完します。• 方法：生命の真菌の木の組み立てと生化学データベース（http://aftol.umn.edu）の組み立てで使用される文字および文字状態のデータセットは、オントロジーを生成するための用語のソースです。条件が加入されて定義された後、それらはobo-editファイル形式で結合され、オントロジーは遺伝子オントロジープロジェクトでサポートされているオープンソースJavaツールであるOBO-EDITを使用して編集されました。• 主な結果：真菌の細胞内オントロジーは、モデル菌と非モデル菌の両方を詳細にカバーし、Webサイトhttp://aftol.umn.umn.edu/ontology/fungal_subcellular.oboでobo-edit形式でダウンロードできます。• 結論：オントロジーは、真菌の生命の木の構造および生化学データベースを組み立てるための動作フレームワークとして、真菌の細胞内項と機能の制御された語彙を提供します。オントロジーベースの設計は、他の独立した生物学的および遺伝的データベースから構造および生化学データベースに堆積したデータの再利用を強化します。学際的な研究が重要性を獲得するにつれて、生物学的データベースの多様性からのデータへのアクセスを促進するデータ統合アプローチが不可欠です。この意味で、真菌は共生生物や寄生虫として積極的に相互作用したり、他の多くの生命体と受動的に相互作用したりするため、真菌の細胞内オントロジーは菌学者や非マイコロジストに非常に関連しています。

UNLABELLED: • PREMISE OF THE STUDY: The Fungal Subcellular Ontology used in the Assembling the Fungal Tree of Life project is a taxon-wide ontology (controlled vocabulary for attributes) designed to clarify and integrate the broad range of subcellular characters and character states used in higher-level fungal systematics. As in the algae, cellular characters are important phylogenetic markers in kingdom Fungi. The Fungal Subcellular Ontology has been developed primarily to help researchers, especially systematists, in their search for information on subcellular characters across the Fungi, and it complements existing biological ontologies, including the Gene Ontology. • METHODS: The character and character state data set used in the Assembling the Fungal Tree of Life Structural and Biochemical Database (http://aftol.umn.edu) is the source of terms for generating the ontology. After the terms were accessioned and defined, they were combined in OBO-Edit file format, and the ontology was edited using OBO-Edit, an open source Java tool supported by the Gene Ontology project. • KEY RESULTS: The Fungal Subcellular Ontology covers both model and nonmodel fungi in great detail and is downloadable in OBO-Edit format at website http://aftol.umn.edu/ontology/fungal_subcellular.obo. • CONCLUSIONS: The ontology provides a controlled vocabulary of fungal subcellular terms and functions as an operating framework for the Assembling the Fungal Tree of Life Structural and Biochemical Database. An ontology-based design enhances reuse of data deposited in the Structural and Biochemical Database from other independent biological and genetic databases. Data integration approaches that advance access to data from the diversity of biological databases are imperative as interdisciplinary research gains importance. In this sense, the Fungal Subcellular Ontology becomes highly relevant to mycologists as well as nonmycologists because fungi interact actively as symbionts and parasites or passively with many other life forms.