過吸収性血清型12Fの個体群構造、クローン複合体218肺炎連鎖球菌は、多焦点BoxBシーケンスタイピングによって明らかにされました

血清型12Fによって引き起こされる侵襲性疾患の少なくとも4つの発生、クローン複合体218肺炎球菌は過去20年間に発生してきました。私たちは、34の米国と他の8か国から22年にわたって収集された203のアウトブレイクと監視分離株のサンプルを使用して、このクローン複合体の人口構造を研究しました。従来の多焦点シーケンスタイピングは5つのタイプを特定し、他のものと単一のアウトブレイクを区別しました。タイピング解像度を改善するために、10種類のBoxB Minisatellite遺伝子座から多焦点BoxBシーケンスタイピング（MLBT）が開発されました。MLBTは86種類を特定し、4つの発生のそれぞれを区別しました。BoxB遺伝子座全体の多様性は、繰り返し配列サイズと積極的に相関している傾向があり、全体的には無限の対立遺伝子変異モデルに最適でした。多焦点結合の不均衡は強かったが、遺伝子座間の物理的距離とともにペアワイズの不均衡は減少し、染色体の1つの大きな領域で最も強く、最近の組み合わせを示している。2つの主要なクラスターがサンプルで特定され、それらは地理的に、西部およびよりイースターの米国のクラスターとして区別され、肺炎球菌コンジュゲートワクチンの免許の前後に優勢なクラスターとして一時的に区別されました。これら2つのクラスター内の多様性と連鎖の不均衡も異なり、人口の動態が異なることを示唆しています。MLBTは、これらの過侵害性肺炎球菌の個体群構造の隠された側面を明らかにし、他の肺炎球菌クローン複合体の発生調査、監視、および集団遺伝学研究のための有用な補助ツールを提供する可能性があります。

At least four outbreaks of invasive disease caused by serotype 12F, clonal complex 218 Streptococcus pneumoniae have occurred in the United States over the past two decades. We studied the population structure of this clonal complex using a sample of 203 outbreak and surveillance isolates that were collected over 22 years from 34 US states and eight other countries. Conventional multilocus sequence typing identified five types and distinguished a single outbreak from the others. To improve typing resolution, multilocus boxB sequence typing (MLBT) was developed from 10 variable boxB minisatellite loci. MLBT identified 86 types and distinguished between each of the four outbreaks. Diversity across boxB loci tended to be positively correlated with repeat array size and, overall, best fit the infinite alleles mutation model. Multilocus linkage disequilibrium was strong, but pairwise disequilibrium decreased with the physical distance between loci and was strongest in one large region of the chromosome, indicating recent recombinations. Two major clusters were identified in the sample, and they were differentiated geographically, as western and more easterly US clusters, and temporally, as clusters that predominated before and after the licensure of pneumococcal conjugate vaccines. The diversity and linkage disequilibrium within these two clusters also differed, suggesting different population dynamics. MLBT revealed hidden aspects of the population structure of these hyperinvasive pneumococci, and it may provide a useful adjunct tool for outbreak investigations, surveillance, and population genetics studies of other pneumococcal clonal complexes.