改良されたヒドロキシルラジカル切断方法論により、ヌクレオチド分解能でマイナーな溝バインダー構造を備えた不一致および相補的なDNAの複合体

腫瘍細胞株は通常の細胞よりも速く複製することができ、多くはDNA修復経路に欠陥があります。これは、治療的介入の手段としてのDNA修復タンパク質の阻害の調査につながりました。別のアプローチは、損傷したDNAを修復システムから非表示またはマスクすることです。私たちは、分子のような薬物で損傷したDNAの複合体の構造を調査するためのプロトコルを開発しました。ヌクレオチド分解能構造情報は、改善されたヒドロキシルラジカル切断プロトコルを使用して取得できます。DT（n）テールを使用すると、対象の最小の断片の長さが増加し、ポリ（a）とのフラグメントの効率的な共沈着が可能になります。DT（n）テールの5 '端での蛍光ラベルの使用は、修正された切断反応条件と併せて、（32）P標識の寿命やその他の問題を回避します。マイナーグルーブバインダーの存在下および非存在下でのACおよびCCの不一致を含む二重DNAの構造が調査されており、完全に相補的なDNAの構造が調査されています。結果は、ミスマッチの構造的摂動が局所化され、配列に依存していること、およびミスマッチの存在が分子のような薬物の結合を変える可能性があることを示しています。

Tumor cell lines can replicate faster than normal cells and many also have defective DNA repair pathways. This has lead to the investigation of the inhibition of DNA repair proteins as a means of therapeutic intervention. An alternative approach is to hide or mask damaged DNA from the repair systems. We have developed a protocol to investigate the structures of the complexes of damaged DNA with drug like molecules. Nucleotide resolution structural information can be obtained using an improved hydroxyl radical cleavage protocol. The use of a dT(n) tail increases the length of the smallest fragments of interest and allows efficient co-precipitation of the fragments with poly(A). The use of a fluorescent label, on the 5' end of the dT(n) tail, in conjunction with modified cleavage reaction conditions, avoids the lifetime and other problems with (32)P labeling. The structures of duplex DNAs containing AC and CC mismatches in the presence and absence of minor groove binders have been investigated as have those of the fully complementary DNA. The results indicate that the structural perturbations of the mismatches are localized, are sequence dependent and that the presence of a mismatch can alter the binding of drug like molecules.