著名医師による解説が無料で読めます
すると翻訳の精度が向上します
概要：経路レベルの分析は、個々の生体分子のそれよりも高いレベルでポストゲノムデータの解釈を可能にする強力なアプローチです。しかし、現在、このようなアプローチに複数のタイプのOMICSデータを統合することは困難です。ここでは、トランスクリプトームまたはプロテオミクスおよびメタボロミクスデータの共同経路分析のためのWebツール「Impala」を提示します。11のデータベースから3000を超える事前に注文された経路を使用して、代謝産物と遺伝子のユーザー指定のリストを使用して、過剰表現または濃縮分析を実行します。その結果、転写レベル、代謝レベル、またはその両方で無視される可能性のある経路を特定できます。経路の無視の証拠が組み合わされており、分析が機能レベルのみに適用されたときに強調表示されない、変化した活動を伴う追加の経路を識別できるようにします。このツールは、インタラクティブなWebサイトとして、またプログラミングインターフェイスを許可するWebサービスとして実装されています。 可用性：ImpalaのWebインターフェイスは、http：//impala.molgen.mpg.deで入手できます。Webサービスプログラミングインターフェイスは、http：//impala.molgen.mpg.de/wsdocで提供されています。 連絡先：kamburov@molgen.mpg.de;r.cavill@imperial.ac.uk;h.keun@imperial.ac.uk 補足情報：補足データは、バイオインフォマティクスオンラインで入手できます。
概要：経路レベルの分析は、個々の生体分子のそれよりも高いレベルでポストゲノムデータの解釈を可能にする強力なアプローチです。しかし、現在、このようなアプローチに複数のタイプのOMICSデータを統合することは困難です。ここでは、トランスクリプトームまたはプロテオミクスおよびメタボロミクスデータの共同経路分析のためのWebツール「Impala」を提示します。11のデータベースから3000を超える事前に注文された経路を使用して、代謝産物と遺伝子のユーザー指定のリストを使用して、過剰表現または濃縮分析を実行します。その結果、転写レベル、代謝レベル、またはその両方で無視される可能性のある経路を特定できます。経路の無視の証拠が組み合わされており、分析が機能レベルのみに適用されたときに強調表示されない、変化した活動を伴う追加の経路を識別できるようにします。このツールは、インタラクティブなWebサイトとして、またプログラミングインターフェイスを許可するWebサービスとして実装されています。 可用性：ImpalaのWebインターフェイスは、http：//impala.molgen.mpg.deで入手できます。Webサービスプログラミングインターフェイスは、http：//impala.molgen.mpg.de/wsdocで提供されています。 連絡先：kamburov@molgen.mpg.de;r.cavill@imperial.ac.uk;h.keun@imperial.ac.uk 補足情報：補足データは、バイオインフォマティクスオンラインで入手できます。
SUMMARY: Pathway-level analysis is a powerful approach enabling interpretation of post-genomic data at a higher level than that of individual biomolecules. Yet, it is currently hard to integrate more than one type of omics data in such an approach. Here, we present a web tool 'IMPaLA' for the joint pathway analysis of transcriptomics or proteomics and metabolomics data. It performs over-representation or enrichment analysis with user-specified lists of metabolites and genes using over 3000 pre-annotated pathways from 11 databases. As a result, pathways can be identified that may be disregulated on the transcriptional level, the metabolic level or both. Evidence of pathway disregulation is combined, allowing for the identification of additional pathways with changed activity that would not be highlighted when analysis is applied to any of the functional levels alone. The tool has been implemented both as an interactive website and as a web service to allow a programming interface. AVAILABILITY: The web interface of IMPaLA is available at http://impala.molgen.mpg.de. A web services programming interface is provided at http://impala.molgen.mpg.de/wsdoc. CONTACT: kamburov@molgen.mpg.de; r.cavill@imperial.ac.uk; h.keun@imperial.ac.uk SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
医師のための臨床サポートサービス
ヒポクラ x マイナビのご紹介
無料会員登録していただくと、さらに便利で効率的な検索が可能になります。