宿主編集された12 bpおよびより長い合成パリンドロームの一本鎖酵素によってカットを逃れること

Genbankで見つかった大規模な宿主編集された合成パリンドローム汚染であるPalindromatiが示され、例示されています。ZAPアダプターまたは関連するリンカーから派生したそのような部分の部分またはタンデムを含む何百万もの汚染された配列は、他の場所で報告された12 bpシーケンス、エクソンXB、5 'CCCGAATTCGGG 3'、（2）によって報告された12 bpシーケンスによって表示されます。関連シーケンス5 'CTCGTGCCGAATTCGGCACGAG 3'、および（3）より長い44-bp関連シーケンス：5 'CTCGTGCCGAATTCGGCACGAGCTCGCGAATTCGGGCGAGCGAG 3'。これらの長い汚染シーケンスがデータベースで継続する理由の考えられる理由は、ここに示されています。（1）プラスストランド（+）の認識サイトは一本鎖自己顕著です。（2）マイナス鎖（ - ）の認識部位は、一本鎖自己顕著なだけでなく、一本鎖の自己aNealプラスストランドから遠く離れているため、活性エコリ酵素二量体の形成を不可能にしてカットします。5 'g/aattc 3'で、ターゲットシーケンス。可能な解決策として、独立したシーケンス方法論の使用を伴う独立した研究所によって得られたシーケンスなど、少なくとも2つまたは3つの独立した結果に依存することが示唆されています。この情報は、これらの汚染物質を検出/除去することができるバイオインフォマティクスのツールを開発するのに役立ち、なぜ遺伝的疾患が細胞および生物の分子品質制御メカニズムによって検出され、世代を通じてチェックされていないチェックされていない損傷したシーケンスを逃がす理由を推測するのに役立ちます。

Palindromati, the massive host-edited synthetic palindromic contamination found in GenBank, is illustrated and exemplified. Millions of contaminated sequences with portions or tandems of such portions derived from the ZAP adaptor or related linkers are shown (1) by the 12-bp sequence reported elsewhere, exon Xb, 5' CCCGAATTCGGG 3', (2) by a 22-bp related sequence 5' CTCGTGCCGAATTCGGCACGAG 3', and (3) by a longer 44-bp related sequence: 5' CTCGTGCCGAATTCGGCACGAGCTCGTGCCGAATTCGGCACGAG 3'. Possible reasons for why those long contaminating sequences continue in the databases are presented here: (1) the recognition site for the plus strand (+) is single-strand self-annealed; (2) the recognition site for the minus strand (-) is not only single-strand self-annealed but also located far away from the single-strand self-annealed plus strand, rendering impossible the formation of the active EcoRI enzyme dimer to cut on 5' G/AATTC 3', its target sequence. As a possible solution, it is suggested to rely on at least two or three independent results, such as sequences obtained by independent laboratories with the use, preferably, of independent sequencing methodologies. This information may help to develop tools for bioinformatics capable to detect/remove these contaminants and to infer why some damaged sequences which cause genetic diseases escape detection by the molecular quality control mechanism of cells and organisms, being undesirably transferred unchecked through the generations.