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はじめに：現在の研究の目的は、異なるPCRベースの技術と基本的な表現型機能を統合する非結核性マイコバクテリア（NTM）識別アルゴリズムの有用性を実証することでした。さらに、HSP65（HSP65 PRA）解釈のパターン制限解析のアルゴリズムが更新されました。 方法：選択されたワークフローは、DNAハイブリダイゼーションプローブ法による識別で構成され、その後、ハイブリダイゼーションプローブでは特定できない分離株におけるHSP65（HSP65 PRA）のPCR制限酵素分析が続きました。必要に応じて、16S RRNA遺伝子とHsp65遺伝子シーケンスを種分化に使用しました。 結果：合計236 NTMが収集され、そこでは102（43.2％）の分離株がDNA特異的プローブによって同定され、76（32.2％）分離株がHSP65 PRAで同定されました。残りの58（24.5％）分離株の種同定には、16S RRNA遺伝子の部分的な配列決定を使用しました。この方法を使用して53（22.4％）が特定されました。Hsp65遺伝子の部分的な配列決定のために5つの分離株（2.1％）が提出され、この方法で1つの分離株が同定されました。種レベルでは、4つの株（1.7％）を識別できませんでした。3つの新しいPRAパターンが見つかりました。Accuprobe Mycobacterium avium complex識別試験で陽性である7つの分離株は、M。aviumまたはMycobacterium Intracellulare固有のプローブで陽性ではありませんでした。これらの分離株の5つと2つは、それぞれM. IntracellulareおよびMycobacterium Colombienseとして特定されました。 結論：このアプローチにより、この研究で見つかったほぼすべてのNTM分離株を特定することができました。
はじめに：現在の研究の目的は、異なるPCRベースの技術と基本的な表現型機能を統合する非結核性マイコバクテリア（NTM）識別アルゴリズムの有用性を実証することでした。さらに、HSP65（HSP65 PRA）解釈のパターン制限解析のアルゴリズムが更新されました。 方法：選択されたワークフローは、DNAハイブリダイゼーションプローブ法による識別で構成され、その後、ハイブリダイゼーションプローブでは特定できない分離株におけるHSP65（HSP65 PRA）のPCR制限酵素分析が続きました。必要に応じて、16S RRNA遺伝子とHsp65遺伝子シーケンスを種分化に使用しました。 結果：合計236 NTMが収集され、そこでは102（43.2％）の分離株がDNA特異的プローブによって同定され、76（32.2％）分離株がHSP65 PRAで同定されました。残りの58（24.5％）分離株の種同定には、16S RRNA遺伝子の部分的な配列決定を使用しました。この方法を使用して53（22.4％）が特定されました。Hsp65遺伝子の部分的な配列決定のために5つの分離株（2.1％）が提出され、この方法で1つの分離株が同定されました。種レベルでは、4つの株（1.7％）を識別できませんでした。3つの新しいPRAパターンが見つかりました。Accuprobe Mycobacterium avium complex識別試験で陽性である7つの分離株は、M。aviumまたはMycobacterium Intracellulare固有のプローブで陽性ではありませんでした。これらの分離株の5つと2つは、それぞれM. IntracellulareおよびMycobacterium Colombienseとして特定されました。 結論：このアプローチにより、この研究で見つかったほぼすべてのNTM分離株を特定することができました。
INTRODUCTION: The aim of the present work was to demonstrate the utility of a non-tuberculous mycobacteria (NTM) identification algorithm, which integrates different PCR-based techniques and basic phenotypic features. Moreover, the algorithm for pattern restriction analysis of hsp65 (hsp65 PRA) interpretation has been updated. METHODS: The workflow chosen consisted of the identification by a DNA hybridization probe method, followed by PCR-restriction enzyme analysis of hsp65 (hsp65 PRA) in those isolates that cannot be identified by hybridization probes. If necessary, 16S rRNA gene and hsp65 gene sequencing were used for speciation. RESULTS: A total of 236 NTM were collected, in which 102 (43.2%) isolates were identified by DNA specific probes and 76 (32.2%) isolates were identified with hsp65 PRA. Partial sequencing of the 16S rRNA gene was used for species identification of the remaining 58 (24.5%) isolates. Fifty-three (22.4%) were identified using this method. Five isolates (2.1%) were submitted for partial sequencing of hsp65 gene and one isolate was identified with this method. Four strains (1.7%) could not be identified at species level. Three new PRA patterns were found. Seven isolates tested positive with the AccuProbe Mycobacterium avium complex identification test but did not test positive with the M. avium or Mycobacterium intracellulare specific probes. Five and two of these isolates were identified as M. intracellulare and Mycobacterium colombiense, respectively. CONCLUSION: This approach allowed us to identify almost all NTM isolates found in this study, including some recently described species.
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