Phytozome：緑色の植物ゲノミクスの比較プラットフォーム

シーケンスされた植物ゲノムと関連するゲノムリソースの数は、資金調達機関からの植物ゲノミクスへの焦点の増加と、安価な次世代シーケンスの適用の両方の出現とともに急速に成長しています。この増加するデータと相互作用するために、Phytozome（http://www.phytozome.net）を開発しました。Phytozomeは、シーケンス、遺伝子構造、遺伝子ファミリー、ゲノム組織のレベルでのすべての植物遺伝子の進化的歴史の見解を提供すると同時に、完全な増加数（現在25）のシーケンスと機能注釈へのアクセスと機能的注釈を提供しますすべての陸上植物や選択された藻類を含む植物ゲノムは、共同ゲノム研究所で配列決定され、他の場所でシーケンスされた選択された種。包括的な植物ゲノムデータベースとWebポータルを通じて、これらのデータと分析は、より広範な植物科学研究コミュニティに利用可能であり、モデルシステムを経済的および生態学的に重要な他の植物とリンクするのに役立つ強力な比較ゲノミクスツールを提供します。

The number of sequenced plant genomes and associated genomic resources is growing rapidly with the advent of both an increased focus on plant genomics from funding agencies, and the application of inexpensive next generation sequencing. To interact with this increasing body of data, we have developed Phytozome (http://www.phytozome.net), a comparative hub for plant genome and gene family data and analysis. Phytozome provides a view of the evolutionary history of every plant gene at the level of sequence, gene structure, gene family and genome organization, while at the same time providing access to the sequences and functional annotations of a growing number (currently 25) of complete plant genomes, including all the land plants and selected algae sequenced at the Joint Genome Institute, as well as selected species sequenced elsewhere. Through a comprehensive plant genome database and web portal, these data and analyses are available to the broader plant science research community, providing powerful comparative genomics tools that help to link model systems with other plants of economic and ecological importance.