標準的なタイプIII分泌システムを自然に欠くシュードモナスsyringaeは、非農業の生息地で遍在し、系統発生的に多様であり、病原性である可能性があります

III型分泌系（T3SS）は病原性細菌の重要な毒性因子ですが、T3SSの欠乏を伴う細菌植物病原体の変異体の自然な発生は、フィットネスのT3SSの重要性に関する疑問を提起します。T3SS欠損植物の病原性細菌に関する以前の研究は、植物または植物の破片からの株に焦点を当てています。ここでは、植物からのPseudomonas syringaeのT3SS欠損株を、原始的な非農業文脈における非植物基質のT3SS欠損株を特徴づけています。その多くは、作物植物に関連していることはまだ見られていない最近記載されたクレードを表しています。タバコで過敏な反応（HR（ - ））を誘導することができない株は、川（山の小川と湖）、スノーパック、てんかんバイオフィルム、野生植物、葉のごみからの126サンプルの65％で検出され、2〜100％を構成しました。各サンプルに関連するP. syringae集団の。すべてのHR（ - ）株には、標準的なHRP/HRC遺伝子座または関連する保存されたエフェクター遺伝子座に少なくとも1つの遺伝子が欠けていましたが、ほとんどはテストされた6つの遺伝子すべて（HRCC、HRPL、HRPK1、AVRE1、およびHRPW1）を欠いており、いくつかの分類型の系統発生系を表していました。クレード。ほとんどのHR（ - ）株は、予想どおりにメロンの実生に症状を引き起こすことができませんでしたが、PCRおよびPCRおよびPCRによると標準的なT3SSの6つの保存遺伝子のいずれかが存在しないにもかかわらず、最近説明されたTA-002クレードの株は重度の症状を引き起こしました。サザンブロットアッセイ。私たちが観察したT3SSバリアントの系統発生コンテキストは、P。syringaeの病原体および環境蘇生物としての進化の歴史に関する洞察を提供します。

The type III secretion system (T3SS) is an important virulence factor of pathogenic bacteria, but the natural occurrence of variants of bacterial plant pathogens with deficiencies in their T3SS raises questions about the significance of the T3SS for fitness. Previous work on T3SS-deficient plant pathogenic bacteria has focused on strains from plants or plant debris. Here we have characterized T3SS-deficient strains of Pseudomonas syringae from plant and nonplant substrates in pristine nonagricultural contexts, many of which represent recently described clades not yet found associated with crop plants. Strains incapable of inducing a hypersensitive reaction (HR(-)) in tobacco were detected in 65% of 126 samples from headwaters of rivers (mountain creeks and lakes), snowpack, epilithic biofilms, wild plants and leaf litter and constituted 2 to 100% of the P. syringae population associated with each sample. All HR(-) strains lacked at least one gene in the canonical hrp/hrc locus or the associated conserved effector locus, but most lacked all six of the genes tested (hrcC, hrpL, hrpK1, avrE1 and hrpW1) and represented several disparate phylogenetic clades. Although most HR(-) strains were incapable of causing symptoms on cantaloupe seedlings as expected, strains in the recently described TA-002 clade caused severe symptoms in spite of the absence of any of the six conserved genes of the canonical T3SS according to PCR and Southern blot assays. The phylogenetic context of the T3SS variants we observed provides insight into the evolutionary history of P. syringae as a pathogen and as an environmental saprophyte.