基本的なローカルアライメント検索ツール

迅速なシーケンス比較への新しいアプローチである基本的なローカルアライメント検索ツール（BLAST）は、ローカル類似性の尺度である最大セグメントペア（MSP）スコアを最適化するアラインメントに直接近似します。MSPスコアの確率的特性に関する最近の数学的結果により、この方法のパフォーマンスの分析と、生成するアライメントの統計的有意性が可能になります。基本的なアルゴリズムはシンプルで堅牢です。さまざまな方法で実装し、簡単なDNAおよびタンパク質配列データベース検索、モチーフ検索、遺伝子識別検索、および長いDNA配列の類似性の複数の領域の分析など、さまざまなコンテキストで適用できます。数学的分析に対する柔軟性と扱いやすさに加えて、BLASTは、同等の感度の既存のシーケンス比較ツールよりも数桁高速です。

A new approach to rapid sequence comparison, basic local alignment search tool (BLAST), directly approximates alignments that optimize a measure of local similarity, the maximal segment pair (MSP) score. Recent mathematical results on the stochastic properties of MSP scores allow an analysis of the performance of this method as well as the statistical significance of alignments it generates. The basic algorithm is simple and robust; it can be implemented in a number of ways and applied in a variety of contexts including straightforward DNA and protein sequence database searches, motif searches, gene identification searches, and in the analysis of multiple regions of similarity in long DNA sequences. In addition to its flexibility and tractability to mathematical analysis, BLAST is an order of magnitude faster than existing sequence comparison tools of comparable sensitivity.