レインボートラウト（Oncorhynchus mykiss）からの16S rRNAのPCR-TTGE分析は、活性細菌の宿主特異的コミュニティを明らかにしています

この研究では、虹色のマスの腸内微生物叢の形成における宿主遺伝学と食事の相対的な寄与を評価しました。それぞれが繁殖プログラムに属する1人の男性と1人の女性の交配に由来する個人からなる4つの無関係な家族の完全な兄弟魚は、野菜タンパク質または植物油のいずれかを含む食事を与えられ、2か月間、コントロールダイエットと比較して2か月間食事を与えました。魚タンパク質と魚油。同じサンプルに2つの並列アプローチが適用されました。RNA分析に基づいて転写活性細菌集団を調べ、DNA分析から得た細菌集団と比較しました。DNAおよびRNAからの時間温度勾配ゲル電気泳動（TTGE）プロファイルの比較は重要な違いを示し、活性細菌集団がRNA分析によってよりよく説明されたことを示しています。結果は、一部の細菌グループが特定のファミリーに関連する有意に（p <0.05）ことを示し、微生物叢の組成が宿主の影響を受ける可能性があることを示しています。さらに、微生物叢の組成に対する食事の効果は、マスファミリーに依存していました。

This study assessed the relative contributions of host genetics and diet in shaping the gut microbiota of rainbow trout. Full sibling fish from four unrelated families, each consisting of individuals derived from the mating of one male and one female belonging to a breeding program, were fed diets containing either vegetable proteins or vegetable oils for two months in comparison to a control diet consisting of only fish protein and fish oil. Two parallel approaches were applied on the same samples: transcriptionally active bacterial populations were examined based on RNA analysis and were compared with bacterial populations obtained from DNA analysis. Comparison of temporal temperature gradient gel electrophoresis (TTGE) profiles from DNA and RNA showed important differences, indicating that active bacterial populations were better described by RNA analysis. Results showed that some bacterial groups were significantly (P<0.05) associated with specific families, indicating that microbiota composition may be influenced by the host. In addition, the effect of diet on microbiota composition was dependent on the trout family.