リボースの2'-f/-Hおよび2'-F/-H/-OMEミックスマースの2'位置で完全に修飾されたオリゴヌクレオチドアニオンの衝突誘導解離

イオントラップおよび低エネルギービーム型衝突誘導解離（CID）を使用した前駆体イオン電荷状態の関数として、さまざまな2'位置修飾オリゴヌクレオチドアニオンのガス相解離が研究されています。完全に2'-O-メチル修飾された6-MERの場合、ホスホジエステルリンケージに沿ったすべての可能な解離チャネルの場合、相補的（A-B）/W-、B/X-、C/Y-、D/Z-イオンシリーズを生成しました。単一のドミナントタイプの解離経路がないことで観察されます。完全なシーケンス情報は、イオントラップCIDを介して各電荷状態から生成されました。ビームタイプのCID条件下では、より連続的な断片化が認められました。すべての2'-OHグループが2'-Hに変換されるモデルDNAとの比較、およびRNAアニオンは、2'-ome置換がDNAとRNAオリゴマーの両方に対する断片化に関してホスホジエステル結合を安定化することを示唆しています。DNAヌクレオチドと2'-F置換ヌクレオチド、またはDNAヌクレオチドと2'-O-メチル（2'-OME）および2'-F置換ヌクレオチドの混合物で構成される修飾された混合merアニオン用切断は、イオントラップCID条件下でのヌクレオチド上の2'-omeまたは2'-f修飾によって阻害されることがわかった。したがって、シーケンス情報は、2'-H（DNA）ヌクレオチドの3 'C-O結合の切断からのAベース/W fragmentsに限定されていました。ビームタイプのCID条件下では、2'-OME置換ヌクレオチドに隣接する限られた追加の切断が認められましたが、2'-F修飾残基は切断に耐性のままでした。

Gas-phase dissociation of various 2'-position modified oligonucleotide anions has been studied as a function of precursor ion charge state using ion trap and low energy beam-type collision-induced dissociation (CID). For a completely 2'-O-methyl modified 6-mer, all possible dissociation channels along the phosphodiester linkage, generating complementary (a-B)/w-, b/x-, c/y-, d/z-ion series, were observed with no single dominant type of dissociation pathway. Full sequence information was generated from each charge state via ion trap CID. More sequential fragmentation was noted under beam-type CID conditions. Comparison with model DNA, in which all 2'-OH groups are converted to 2'-H, and RNA anions suggests that the 2'-OMe substitution stabilizes the phosphodiester linkage with respect to fragmentation relative to both DNA and RNA oligomers. For modified mix-mer anions, comprised of DNA nucleotides and 2'-F substituted nucleotides or a mixture of DNA nucleotides and 2'-O-methyl (2'-OMe) and 2'-F substituted nucleotides, 3'-side backbone cleavage was found to be inhibited by the 2'-OMe or 2'-F modification on the nucleotides under ion trap CID conditions. Thus, the sequence information was limited to the a-Base/w-fragments from the cleavage of the 3' C-O bond of the 2'-H (DNA) nucleotides. Under beam-type CID conditions, limited additional cleavage adjacent to 2'-OMe substituted nucleotides was noted but 2'-F modified residues remained resistant to cleavage.