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Bioinformatics (Oxford, England)2012Jun15Vol.28issue(12)

Geneious Basic:統合された拡張可能なデスクトップソフトウェアプラットフォームプラットフォームと、シーケンスデータの分析

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文献タイプ:
  • Journal Article
概要
Abstract

非標識:バイオインフォマティクスの2つの主な機能は、計算リソースを使用した生物学的データの組織と分析です。Geneious Basicは、分子シーケンスと関連データタイプに焦点を当てた、生物学的データの組織と分析のための使いやすく柔軟なデスクトップソフトウェアアプリケーションフレームワークになるように設計されています。多数の業界標準ディスカバリー分析ツールを統合し、インタラクティブな視覚化を使用して、出版対象の画像を生成します。ライフサイエンスの研究者への重要な貢献の1つは、実質的に無制限の拡張とカスタマイズのために、Geneious Basicソフトウェアプラットフォームの既存のフレームワークを活用する機能を提供するGeneious Public Applicationプログラミングインターフェイス(API)です。その結果、パブリックAPIを通じて開発者が利用できる機能とグラフィカルなユーザーインターフェイスにより、ライフサイエンスの計算ツールの開発の速度と品質が向上します。Geneious Basicは、バイオインフォマティクスコミュニティが既存のコンポーネントを活用し、生物学的データの発見、分析、視覚化に関する独自の特定の要件を統合するための理想的なプラットフォームです。 可用性と実装:バイナリとパブリックAPIは、http://www.geneious.com/basicで無料でダウンロードできます。このソフトウェアは、http://nebc.nerc.ac.uk/news/geneiousonblのBio-Linuxパッケージリポジトリからも入手できます。

非標識:バイオインフォマティクスの2つの主な機能は、計算リソースを使用した生物学的データの組織と分析です。Geneious Basicは、分子シーケンスと関連データタイプに焦点を当てた、生物学的データの組織と分析のための使いやすく柔軟なデスクトップソフトウェアアプリケーションフレームワークになるように設計されています。多数の業界標準ディスカバリー分析ツールを統合し、インタラクティブな視覚化を使用して、出版対象の画像を生成します。ライフサイエンスの研究者への重要な貢献の1つは、実質的に無制限の拡張とカスタマイズのために、Geneious Basicソフトウェアプラットフォームの既存のフレームワークを活用する機能を提供するGeneious Public Applicationプログラミングインターフェイス(API)です。その結果、パブリックAPIを通じて開発者が利用できる機能とグラフィカルなユーザーインターフェイスにより、ライフサイエンスの計算ツールの開発の速度と品質が向上します。Geneious Basicは、バイオインフォマティクスコミュニティが既存のコンポーネントを活用し、生物学的データの発見、分析、視覚化に関する独自の特定の要件を統合するための理想的なプラットフォームです。 可用性と実装:バイナリとパブリックAPIは、http://www.geneious.com/basicで無料でダウンロードできます。このソフトウェアは、http://nebc.nerc.ac.uk/news/geneiousonblのBio-Linuxパッケージリポジトリからも入手できます。

UNLABELLED: The two main functions of bioinformatics are the organization and analysis of biological data using computational resources. Geneious Basic has been designed to be an easy-to-use and flexible desktop software application framework for the organization and analysis of biological data, with a focus on molecular sequences and related data types. It integrates numerous industry-standard discovery analysis tools, with interactive visualizations to generate publication-ready images. One key contribution to researchers in the life sciences is the Geneious public application programming interface (API) that affords the ability to leverage the existing framework of the Geneious Basic software platform for virtually unlimited extension and customization. The result is an increase in the speed and quality of development of computation tools for the life sciences, due to the functionality and graphical user interface available to the developer through the public API. Geneious Basic represents an ideal platform for the bioinformatics community to leverage existing components and to integrate their own specific requirements for the discovery, analysis and visualization of biological data. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: Binaries and public API freely available for download at http://www.geneious.com/basic, implemented in Java and supported on Linux, Apple OSX and MS Windows. The software is also available from the Bio-Linux package repository at http://nebc.nerc.ac.uk/news/geneiousonbl.

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