MFEPRIMER-20：PCRプライマーの特異性をチェックするための高速熱力学ベースのプログラム

ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）プライマーの特異性を評価することは、PCRプライマーの設計に不可欠なステップです。MFEPRIMER-2.0サーバーを使用すると、ユーザーはゲノムDNAおよびメッセンジャーRNA/補完DNA配列データベースに対するプライマーの特異性を迅速かつ簡単に確認できます。MFEPRIMER-2.0は、K-MERインデックスアルゴリズムを使用して、プライマー結合部位の検索プロセスを加速し、熱力学を使用して各プライマーとそのDNAテンプレート間の結合安定性を評価します。シーケンス、各アンプリコンの融解温度、サイズなどのいくつかの重要な特性は、結果ページで報告されています。これらの特性とユーザーフレンドリーな出力に基づいて、ユーザーはPCRプライマーの特異性に関する結論を容易に描画できます。退化したプライマーと複数のPCRプライマーの分析も、MFEPRIMER-2.0でサポートされています。さらに、MFEPRIMER-2.0でサポートされているデータベースは包括的であり、リクエストに応じてカスタムデータベースもサポートできます。MFEPRIMER-2.0サーバーはログインを必要とせず、http://biocompute.bmi.ac.cn/czlab/mfeprimer-2.0で無料で入手できます。さらに、MFEPRIMER-2.0コマンドラインバージョンとローカルサーバーバージョンはオープンソースであり、https：//github.com/quwubin/mfeprimer/wiki/manual/からダウンロードできます。

Evaluating the specificity of polymerase chain reaction (PCR) primers is an essential step in PCR primer design. The MFEprimer-2.0 server allows users to check primer specificity against genomic DNA and messenger RNA/complementary DNA sequence databases quickly and easily. MFEprimer-2.0 uses a k-mer index algorithm to accelerate the search process for primer binding sites and uses thermodynamics to evaluate binding stability between each primer and its DNA template. Several important characteristics, such as the sequence, melting temperature and size of each amplicon, either specific or non-specific, are reported on the results page. Based on these characteristics and the user-friendly output, users can readily draw conclusions about the specificity of PCR primers. Analyses for degenerate primers and multiple PCR primers are also supported in MFEprimer-2.0. In addition, the databases supported by MFEprimer-2.0 are comprehensive, and custom databases can also be supported on request. The MFEprimer-2.0 server does not require a login and is freely available at http://biocompute.bmi.ac.cn/CZlab/MFEprimer-2.0. More over, the MFEprimer-2.0 command-line version and local server version are open source and can be downloaded at https://github.com/quwubin/MFEprimer/wiki/Manual/.