Wannovar：Web経由の個人ゲノムの遺伝的変異体に注釈

背景：ハイスループットDNAシーケンスプラットフォームが広く利用可能になりました。その結果、個人のゲノムは、研究および臨床環境でますますシーケンスされています。しかし、結果として生じる大量のバリアントデータは、バイオインフォマティクススキルのない平均的な生物学者や臨床医に大きな課題をもたらします。 方法と結果：個人ゲノムからの遺伝的変異体の機能的注釈の重要なニーズに対処するために、WannovarというWebサーバーを開発しました。サーバーは、ユーザーがバリアントの機能的意義を判断できるように、シンプルで直感的なインターフェイスを提供します。これらには、遺伝子への影響の単一ヌクレオチド変異体と挿入/削除に注釈/挿入/削除、保存レベル（PhylopやGERP ++スコアなど）の報告、予測される機能的重要性スコア（SIFTやポリフェンスコアなど）の計算、パブリックデータベースの対立遺伝子頻度の回収が含まれます。（1000 Genomes ProjectやNHLBI-ESP 5400 Exomesなど）、「バリアント削減」プロトコルを実装して、潜在的に有害なバリアント/遺伝子のサブセットを特定します。Wannovarが、2つのメンデル疾患で生成された遺伝的変異体を分析することにより、データから生物学的洞察を引き出すのにどのように役立つかを示しました。 結論：Wannovarは、生物学者と臨床医が個人のゲノム情報を利用して科学的発見を促進するのに役立つと結論付けています。Wannovarサーバーはhttp://wannovar.usc.eduで入手でき、最新の注釈情報を反映するために継続的に更新されます。

BACKGROUND: High-throughput DNA sequencing platforms have become widely available. As a result, personal genomes are increasingly being sequenced in research and clinical settings. However, the resulting massive amounts of variants data pose significant challenges to the average biologists and clinicians without bioinformatics skills. METHODS AND RESULTS: We developed a web server called wANNOVAR to address the critical needs for functional annotation of genetic variants from personal genomes. The server provides simple and intuitive interface to help users determine the functional significance of variants. These include annotating single nucleotide variants and insertions/deletions for their effects on genes, reporting their conservation levels (such as PhyloP and GERP++ scores), calculating their predicted functional importance scores (such as SIFT and PolyPhen scores), retrieving allele frequencies in public databases (such as the 1000 Genomes Project and NHLBI-ESP 5400 exomes), and implementing a 'variants reduction' protocol to identify a subset of potentially deleterious variants/genes. We illustrated how wANNOVAR can help draw biological insights from sequencing data, by analysing genetic variants generated on two Mendelian diseases. CONCLUSIONS: We conclude that wANNOVAR will help biologists and clinicians take advantage of the personal genome information to expedite scientific discoveries. The wANNOVAR server is available at http://wannovar.usc.edu, and will be continuously updated to reflect the latest annotation information.