MS/MS質量分析を使用したde novoペプチドシーケンスに関するチュートリアル

このペーパーは、タンデム質量分析を使用したペプチドシーケンスとして知られるプロテオミクスの問題に関する自己完結型の入門チュートリアルです。このチュートリアルでは、特にde novoシーケンス方法を扱っています（データベース検索方法とは対照的に）。最初に、ペプチドシーケンス、その重要性と歴史、およびタンパク質の背景の紹介を示します。次に、ペプチドとタンデム質量分析計から生成された最終スペクトルとの関係と、質量スペクトルの生成プロセス中に発生するさまざまな合併症の原因の説明を示します。そこから、デボペプチドシーケンスの計算上の問題をモデル化します。これは、スペクトルを生成したペプチドを識別するという逆の問題です。次に、それを解決するためのいくつかの主要なアプローチを提示し（各アプローチの現在のアルゴリズムのいくつかのレビューを含む）、関連する問題や後処理アプローチについても議論します。

This paper is a self-contained introductory tutorial on the problem in proteomics known as peptide sequencing using tandem mass spectrometry. This tutorial deals specifically with de novo sequencing methods (as opposed to database search methods). We first give an introduction to peptide sequencing, its importance and history and some background on proteins. Next we show the relationship between a peptide and the final spectrum produced from a tandem mass spectrometer, together with a description of the various sources of complications that arise during the process of generating the mass spectrum. From there we model the computational problem of de novo peptide sequencing, which is basically the reverse problem of identifying the peptide which produced the spectrum. We then present several major approaches to solve it (including reviewing some of the current algorithms in each approach), and also discuss related problems and post-processing approaches.