Toxalerts：有毒化学物質と潜在的な副作用を伴う化合物の構造アラートのWebサーバー

この記事では、文献から毒物学的構造的アラートを収集および保存し、化学ライブラリの仮想スクリーニングを行うためのWebベースのプラットフォームを紹介し、潜在的に有毒化学物質と副副作用を引き起こす可能性のある化合物にフラグを立てます。アラートは、Smartsテンプレート、毒物学的エンドポイント、およびアラートが記述された出版物によって一意に識別されます。さらに、このシステムでは、名前、コメント、アクションメカニズム、その他のデータなどの補完的な情報を保存できます。最も重要なことは、このプラットフォームは、大規模な化学データセット、焦点を絞ったライブラリ、または毒物学的アラートに対して新たに設計された化合物の高速仮想スクリーニングに簡単に使用でき、構造アラートとエンドポイントによってグループ化された化学物質の詳細なプロファイルを提供することです。このような施設は、化合物を実験的にテストするか、利用可能なQSARモデルで検証するか、検討から完全に排除するかについての意思決定に使用できます。アラートベースのスクリーニングは、より複雑なQSARモデルを簡単に解釈するためにも役立ちます。このシステムは、公開されており、オンライン化学モデリング環境（OCHEM、http：//ochem.eu）と密接に統合されています。システムはオープンで拡張可能です。登録されているOCHEMユーザーは、新しいアラートを導入し、他のユーザーが導入したアラートを参照し、編集し、すべてまたは選択したアラートに対してデータセットを事実上スクリーニングできます。構造アラートに渡されるユーザーセットは、OCHEMで他の一般的なタスクに使用できます。さまざまな形式でのエクスポート、QSARモデルの開発、他の基準による追加フィルタリングなどです。変異原性、発がん性、皮膚感作、代謝活性化を受ける化合物、および反応性代謝産物を形成し、したがって副作用を引き起こす可能性のあるエンドポイント。Toxalertsプラットフォームは、http：//ochem.eu/alertsのWebでアクセスでき、常に成長しています。

The article presents a Web-based platform for collecting and storing toxicological structural alerts from literature and for virtual screening of chemical libraries to flag potentially toxic chemicals and compounds that can cause adverse side effects. An alert is uniquely identified by a SMARTS template, a toxicological endpoint, and a publication where the alert was described. Additionally, the system allows storing complementary information such as name, comments, and mechanism of action, as well as other data. Most importantly, the platform can be easily used for fast virtual screening of large chemical datasets, focused libraries, or newly designed compounds against the toxicological alerts, providing a detailed profile of the chemicals grouped by structural alerts and endpoints. Such a facility can be used for decision making regarding whether a compound should be tested experimentally, validated with available QSAR models, or eliminated from consideration altogether. The alert-based screening can also be helpful for an easier interpretation of more complex QSAR models. The system is publicly accessible and tightly integrated with the Online Chemical Modeling Environment (OCHEM, http://ochem.eu). The system is open and expandable: any registered OCHEM user can introduce new alerts, browse, edit alerts introduced by other users, and virtually screen his/her data sets against all or selected alerts. The user sets being passed through the structural alerts can be used at OCHEM for other typical tasks: exporting in a wide variety of formats, development of QSAR models, additional filtering by other criteria, etc. The database already contains almost 600 structural alerts for such endpoints as mutagenicity, carcinogenicity, skin sensitization, compounds that undergo metabolic activation, and compounds that form reactive metabolites and, thus, can cause adverse reactions. The ToxAlerts platform is accessible on the Web at http://ochem.eu/alerts, and it is constantly growing.