UCSCゲノムブラウザーと関連するツール

UCSC Genome Browser（http://genome.ucsc.edu）は、13年目にゲノムデータのグラフィカルな視聴者です。ヒューマンゲノムプロジェクトの初期から、多くの種類のゲノムデータの統合ビューを提示してきました。現在、58の生物のアセンブリがあり、ブラウザはゲノム座標にマッピングされた注釈の視覚化を提示します。多くのタイプの注釈を並置する能力は、照会駆動型のデータマイニングを容易にします。遺伝子予測、mRNAアラインメント、エンコードプロジェクトからのエピゲノムデータ、脊椎動物の全ゲノムアライメントからの保存スコア、およびバリエーションデータは、単一の塩基から染色体全体に任意のスケールで表示される場合があります。ブラウザには、ハイスループットシーケンス実験からのアラインメントに役立つBlatを含む、広く使用されている他の多くのツールも含まれています。多くの形式のカスタムトラックとデータハブとしてアップロードされたプライベートデータは、UCSCデータベースの事前計算データの豊富な大要とともに表示される場合があります。テーブルブラウザは、データテーブルのクエリ、フィルタリング、交差点を可能にするフル機能のグラフィカルインターフェイスです。保存されたセッション機能により、ユーザーはカスタマイズされたビューを保存および共有でき、複数の思考列を整理するためのシステムのユーティリティを強化できます。バイナリアライメント/マップ（BAM）、バリアントコール形式、およびパーソナルゲノム単一ヌクレオチド多型（SNP）データ形式は、データセットとデータセットと違いがある大きなシーケンス実験（全ゲノムまたは全エクソーム）を視覚化するのに役立ちます。参照アセンブリはグラフィカルに表示される場合があります。ハイスループットシーケンスのサポートは、BAM、Bigbed、Bigwigなどのコンパクトでインデックス付きのデータ形式に拡張され、RNA-seqおよびCHIP-seq実験からの大規模なデータセットの迅速な視覚化がローカルホスティングを介して迅速に視覚化できます。

The UCSC Genome Browser (http://genome.ucsc.edu) is a graphical viewer for genomic data now in its 13th year. Since the early days of the Human Genome Project, it has presented an integrated view of genomic data of many kinds. Now home to assemblies for 58 organisms, the Browser presents visualization of annotations mapped to genomic coordinates. The ability to juxtapose annotations of many types facilitates inquiry-driven data mining. Gene predictions, mRNA alignments, epigenomic data from the ENCODE project, conservation scores from vertebrate whole-genome alignments and variation data may be viewed at any scale from a single base to an entire chromosome. The Browser also includes many other widely used tools, including BLAT, which is useful for alignments from high-throughput sequencing experiments. Private data uploaded as Custom Tracks and Data Hubs in many formats may be displayed alongside the rich compendium of precomputed data in the UCSC database. The Table Browser is a full-featured graphical interface, which allows querying, filtering and intersection of data tables. The Saved Session feature allows users to store and share customized views, enhancing the utility of the system for organizing multiple trains of thought. Binary Alignment/Map (BAM), Variant Call Format and the Personal Genome Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) data formats are useful for visualizing a large sequencing experiment (whole-genome or whole-exome), where the differences between the data set and the reference assembly may be displayed graphically. Support for high-throughput sequencing extends to compact, indexed data formats, such as BAM, bigBed and bigWig, allowing rapid visualization of large datasets from RNA-seq and ChIP-seq experiments via local hosting.