分子動力学免疫シミュレーションにおけるRMSDの弛緩推定

分子動力学シミュレーションは、信頼できる結論を引き出すのに十分な長さでなければなりません。ただし、シミュレーションが収束したことを証明する方法はありません。MDシミュレーションがまだ十分に長く実行されていないかどうかを判断するためのツールとして、「遅れたRMSD分析」の方法を提案します。分析は、可変時間間隔ΔTで区切られた構成のペア間のRMSD値に基づいています。RMSD（ΔT）が固定型に達していない限り、シミュレーションはまだ収束していません。

Molecular dynamics simulations have to be sufficiently long to draw reliable conclusions. However, no method exists to prove that a simulation has converged. We suggest the method of "lagged RMSD-analysis" as a tool to judge if an MD simulation has not yet run long enough. The analysis is based on RMSD values between pairs of configurations separated by variable time intervals Δt. Unless RMSD(Δt) has reached a stationary shape, the simulation has not yet converged.